故事有两条线，主线和副线，刚开始读的时候，被交错的两条线弄得糊里糊涂，似乎是在讲述毫不相关的两个故事。但小说的结构巧妙在，当你在读主线的章节时，不由自主的会联想到副线的内容，一直在边读边揣测两条线的关联，十分有趣，每个章节的结尾又会留有一个悬念，让你迫不及待的想读下去。最终两条线终于汇合到一起，可是结局又不曾交代清楚，很多隐喻的内容需要自己思考，很多最初的猜测并没有确切的答案。大概54岁的村上在写这部作品时，经历了人生的种种以后，写得内容越来越富有深度。
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关于诅咒：“人不是因其缺点、而是因其优点而被拖入更大的悲剧之中的。索福克勒斯的《俄狄浦斯王》即是显例。俄狄浦斯王不是因其怠惰和愚钝、而恰恰是因其勇敢和正直才给他带来了悲剧。于是这里边产生了无法回避的irony”（P239）
田村卡夫卡：故事的主人公，15岁离家出走的少年，4岁的时候被母亲抛弃，母亲带着姐姐离开了家，留下田村卡夫卡和他父亲。父亲告诉他，他身上有着罪孽深重的诅咒，在他15岁的时候，他将亲手杀死父亲，并且和母亲与姐姐交合。田村卡夫卡无法再忍受家中压抑的氛围，以及与父亲紧张的关系，内心叛逆的少年驱使他离开学校，离开家，去一个陌生的地方。
他来到一个叫做“四国”的地方，又在“甲村图书馆”里工作并居住。在这里，他爱上了一个中年女人佐伯，并且他心里清楚佐伯可能是他的 母亲，而他无可救药的爱着佐伯15岁少女的样子，最终与佐伯交合，就像被诅咒那般与自己的母亲做爱。接着他又在梦中和一个叫做“樱花”的姐姐强行发生性关系，因为他觉得既然已经被诅咒，既然无法逃脱命运，既然已经和母亲交合，那就无所谓与姐姐交合，来结束这个诅咒。
最终，他独自走进丛林深处，勇于去面对自己的内心世界。
关于爱情：“古时候，世界不是由男和女，而是由男男和男女和女女构成的，就是说，一个人用的是今天两个人的材料。大家对此心满意足，相安无事的生活。岂料，神用利刀将所有人一劈两半，劈得利利索索。结果，世上只有男和女，为了寻找本应有的另一半，人们开始左顾右盼，惶惶不可终日。”（P47）
大岛：“甲村图书馆”的图书管理员，一个特殊人，特殊并不仅仅是因为患有“血友病”，而其本身是一个男人的灵魂居住在一个女人的身体里。所以在他引用柏拉图《盛宴》中阿里斯托芬关于男女的说法，就暗示着他自身对于性别的理解。他对于少年卡夫卡有着极大的帮助，不仅收留了少年在图书馆工作，而且在少年被警察追捕的时候，带他到了一个与世隔绝的丛林小屋，使得少年在孤独中不停的自省。
关于海边的卡夫卡：
你在世界边缘的时候
我在死去的火山口
站在门后边的
是失去文字的话语
睡着时月光照在门后
空中掉下小鱼
窗外的士兵们
把一颗心绷紧
海边椅子上坐着卡夫卡
想着驱动世界的钟摆
当心扉关闭的时候
无处可去的斯芬克司
把身影化为利剑
穿刺你的梦
溺水少女的手指
探摸入口的石头
张开蓝色的裙裾
注视海边的卡夫卡（P272）
佐伯：“甲村图书馆”的负责人，一个中年女性，从年龄上来看，可以做少年的母亲。但即便故事结尾也没有确切的说佐伯就是少年的母亲。15岁的佐伯创作了歌曲《海边的卡夫卡》，并获得了世人的赞赏，随即她青梅竹马的挚爱恋人不幸去世，从此佐伯一蹶不振，并消失了一段时间。在她消失的这段时间，很有可能就成了少年的母亲，而她抛弃了少年远走高飞，也是因为她内心唯有逝去的恋人，她自己明白终将追随逝去的恋人，所以无法承担作为母亲的责任。而在“甲村图书馆”，在遇见了少年，并与少年性交的过程，亦或是她将少年作为了她年少时那个逝去的恋人。
关于回忆：“回忆会从内侧温暖你的身体，同时又从内侧剧烈切割你的身体。”（P478）
中田卡夫卡：副线的主人公，一个六十岁的老头中田卡夫卡，这个老头的故事非常离奇。中田卡夫卡在学生时代，突然在一次集体昏倒事件中丧失了读写的能力，而且失去了部分记忆。当他在事件中醒来，莫名其妙有了与猫交谈的能力。在他六十岁的时候，他代替主线的少年杀死了少年的父亲，但副线中这个父亲是琼尼杰克——一个将猫头割下，吃猫心，却自称是猫的灵魂捕获者。中田卡夫卡无法忍受琼尼杰克杀猫的血腥场面，终于遂了琼尼杰克的心愿将他杀死。为了躲避警察的追捕，目不识丁的中田卡夫卡一路走向了“四国”，去寻找他口中的“入口石”，去找寻他的回忆。
最终与主线交汇的时刻，中田卡夫卡也来到了“甲村图书馆”，并且遇到了佐伯。他与佐伯都只有一半的影子。佐伯遇到中田卡夫卡以后便自杀了，将自己整理的回忆文档交给中田，让其烧毁。当中田打开“入口石”以后，他终于如愿的死去，去过应该属于自己的人生。
星野：本是一个极普通的开卡车的青年，偶遇了中田卡夫卡搭便车到四国，听闻了中田的奇特际遇，好奇心驱使一路跟着中田去寻找“入口石”，原本平凡的人生开启了崭新的篇章。最终中田死去以后，他竟然发现自己身上带着中田的特质。
读完整部小说，依然没有安全解开阅读中的所有谜团，可能见仁见智。人生每个阶段去读这部小说都会有不同的见解。虽然小说中有部分是超越现实的存在，但却隐藏着深刻的哲理。
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