1.找一个现成的docker image，减轻配置难度

docker pull satijalab/seurat

2. 创建docker容器并进入

docker run -it satijalab/seurat:latest /bin/bash

如果退出，容器暂停后，如何再次进入

• 查看容器id

docker container ls -a

• 启动暂时关闭的容器

docker start [container id]

• 进入容器

docker attach [container id]

3. 安装需要用到的软件

2.1 下载spaceranger及参考基因组

这个特别大，为了控制镜像大小，可以不包在docker里面，后期通过-v参数映射进去使用。
下载spaceranger和参考基因组

2.2 安装space ranger

space ranger

tar -xzvf spaceranger-1.3.1.tar.gz

2.3 安装R语言相关软件包

• 安装clusterProfiler

BiocManager::install("clusterProfiler") 
##注意：我在装clusterProfiler v3.14.3时遇到的，会让更新很多包，不要更新‘rvcheck’，不然装不上。
BiocManager::install("Cairo")

• 安装Cairo
  先安装基本库

sudo apt-get install libcairo2-dev
sudo apt-get install libxt-dev

再去R里面安装Cairo

BiocManager::install("Cairo")

缺啥装啥，其他不再列举。

4. 添加你的分析脚本

docker cp [scripts] 3aa267713416:/home

5. 打包

6. 测试

• 下载测试数据

wget https://cf.10xgenomics.com/samples/spatial-exp/1.3.0/Visium_FFPE_Human_Breast_Cancer/Visium_FFPE_Human_Breast_Cancer_fastqs.tar
wget https://cf.10xgenomics.com/samples/spatial-exp/1.3.0/Visium_FFPE_Human_Breast_Cancer/Visium_FFPE_Human_Breast_Cancer_image.tif
wget https://cf.10xgenomics.com/samples/spatial-exp/1.3.0/Visium_FFPE_Human_Breast_Cancer/Visium_FFPE_Human_Breast_Cancer_probe_set.csv

7. 其他docker问题

docker权限问题
如果服务器根目录不够大，可以更改docker默认存储位置

• 复制docker 容器

# 使用导入导出容器进行复制
docker export name/id > xxx.tar
docker import xxx.tar imageName:v1
docker run -it  imageName:v1