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如何在远程服务器上使用Rstudio

如何在远程服务器上使用Rstudio

作者: 11的雾 | 来源:发表于2022-01-22 20:07 被阅读0次

    公众号:生信诊断所

    使用远程服务器上的Rstudio server

    用Rstudio处理数据是非常方便的,可以即时看到修改参数后的图形,而且数据加载到内存中,不需要一遍一遍重新读取,但是有时候处理比较大的数据时候,当电脑配置不高的话,就会面临内存不足的情况,导致电脑卡死。

    而这时恰好你有一台linux服务器,有足够大的cpu和内存,在服务器上处理R时(linux端),要么是写好R脚本,要么打开R console,编写R代码,没有办法像Rstudio那样,实时查看图形。这时候就需要Rstudio server访问服务器了。

    前提:你的Windows电脑要和linux服务器在同一网络下。

    备注:系统为Ubuntu20;安装Rstudio server需要root权限。

    只需要下载安装,截止2022年1月最新版

    sudo apt-get install gdebi-core
    wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-2021.09.2-382-amd64.deb
    sudo gdebi rstudio-server-1.4.1717-amd64.deb
    

    更多平台安装: https://rstudio.com/products/rstudio/download-server/debian-ubuntu/

    如果报错:error while loading shared libraries: libssl.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory


    image.png

    安装libssl-dev即可,方法如下:

    sudo apt-get update

    sudo apt-get install libssl-dev

    然后重新安装最后一步:sudo gdebi rstudio-server-1.4.1717-amd64.deb

    安装成功后截图如下:看到绿色active (running)

    image.png

    By default RStudio Server runs on port 8787 and accepts connections from all remote clients. After installation you should therefore be able to navigate a web browser to the following address to access the server:

    默认Rstudio Server运行在8787端口,然后在浏览器中输入:服务器ip 和端口

    http://192.168.0.105:8787/
    http://<server-ip>:8787
    

    就可以在浏览器中打开Rstudio了,连接的是你远程服务器,再也不用怕内存不足了。。。

    image.png

    启动,关闭,重启的命令:

    $ sudo rstudio-server stop
    $ sudo rstudio-server start
    $ sudo rstudio-server restart
    $ sudo rstudio-server status: 查看状态
    

    服务器端Rstudio的使用:

    登录进去之后默认的路径是你的home目录:可以通过getwd()查看

    setwd设定工作目录:

    踩坑:

    直到有一天:Rstudio server再也登不上了,浏览器一直是转圈状态,进不去,查看了状态,最后一行爆出error:

    ERROR The previous R session terminated abnormally; LOGGED FROM: rstudio::core::Error {anonymous}::rInit(const rstudio::r::session::RInitInfo&) src/cpp/session/SessionMain.cpp:694

    这种情况只能重装,好在重装只需要三行命令:(别忘了先stop server)

    sudo apt-get install gdebi-core 
    wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-2021.09.2-382-amd64.deb
    sudo gdebi rstudio-server-1.4.1717-amd64.deb
    

    再试试

    那么只能登录一个吗?

    在一个运行的时候,能不能再打开一个呢?

    有人说可以通过docker,但是没有试过。

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