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R package:xcms(四):Alignment峰对齐

R package:xcms(四):Alignment峰对齐

作者: 佳名 | 来源:发表于2021-12-07 16:19 被阅读0次

    分析物在色谱中洗脱的时间可能因样品(甚至化合物)的不同而不同。 峰对齐,也称为保留时间校正,目的是通过沿保留时间轴移动信号来调整,以使实验中不同样本之间的信号对齐。
    在xcms中执行对齐/保留时间校正的方法是adjuststrtime,它根据所提供的参数类使用不同的对齐算法。

    xdata <- xdata_pp
    
    xdata <- adjustRtime(xdata, param = ObiwarpParam(binSize = 0.6))
    

    Get the base peak chromatograms.

    bpis_adj <- chromatogram(xdata, aggregationFun = "max", include = "none")
    par(mfrow = c(2, 1), mar = c(4.5, 4.2, 1, 0.5))
    plot(bpis_adj, col = group_colors[bpis_adj$sample_group])
    

    Plot also the difference of adjusted to raw retention time.

    plotAdjustedRtime(xdata, col = group_colors[xdata$sample_group])
    
    par(mfrow = c(2, 1))
    ## Plot the raw data
    plot(chr_raw, col = group_colors[chr_raw$sample_group])
    
    ## Extract the chromatogram from the adjusted object
    chr_adj <- chromatogram(xdata, rt = rtr, mz = mzr)
    plot(chr_adj, col = group_colors[chr_raw$sample_group], peakType = "none")
    

    参考资料:
    LCMS data preprocessing and analysis with xcms (bioconductor.org)

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