2018-11-14 学习小组Day3笔记--Linux环境下的

今天的目标是学会利用miniconda在linux上安装软件
总共有两部分：准备、使用
代码一览：
wget 下载地址
bash 文件名
source 文件名
yum install -y 软件名
conda list
conda search 软件名
conda install 软件名 -y
conda remove 软件名 -y
conda info --envs
conda create -n 环境名 python=版本号
source activate 环境名
source deactivate环境名
conda remove -n 环境名 软件名

准备

1. 了解anaconda、miniconda、conda
   三者皆属于linux的软件管理器，日常生信使用miniconda已足够，下图可清楚展示三者关系(引自生信星球)。

   
   
2. miniconda--下载、安装、激活、添加镜像

• 下载：搜索miniconda，到网复制所需下载地址，使用wget 下载地址 下载miniconda(linux中复制方法为：选中内容点击鼠标左键，粘贴只需点击鼠标右键即可)
• 安装：输入命令bash 文件名进行安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装过程中只需全称输入enter或yes即可

3. 激活
   安装后输入source /~ .bashrc激活conda

• source命令通常用于重新执行刚修改的初始化文件，使之立即生效，而不必注销并重新登录。
• ~/是进入当前用户的主目录。比如我用的用户名是USER 那么命令 cd ~/ 就进入了/home/USER 目录。.bashrc 是进入.bashrc文件夹，就是用户目录下的名字是.bashrc的目录。
• 在刚登录Linux时，首先启动 /etc/profile 文件，然后再启动用户目录下的 ~/.bash_profile、 ~/.bash_login或 ~/.profile文件中的其中一个，执行顺序为： /etc/profile -> (~/.bash_profile | ~/.bash_login | ~/.profile) -> ~/.bashrc -> /etc/bashrc -> ~/.bash_logout

总之，就是更新设置。
然后，输入conda，出现满屏信息代表能正常使用conda

4. 添加镜像：从国内网站下载，加快下载速度
   一行一行的复制一下代码

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

5. 安装bzip2（压缩软件）
   免费的阿里云没有bzip2，因此要自行安装
   可输入bzip2检查是否存在这个软件，没有会显示command not found
   接下来就输入yum install -y bzip2进行安装

使用

1. 查看当前所有软件列表
   conda list
2. 搜索软件(以fastqc为例)
   conda search fastqc
3. 安装软件
   conda install fastqc -y自动安装
   conda install fastqc=版本号安装特定版本
4. 卸载软件
   conda remove fastqc -y

关于conda环境

由于不同的项目所需的软件版本可能不同，如python2 与python3，要同时进行不同项目就需要设置不同的conda 环境。

1. 首先查看conda存在哪些环境(*代表此环境为默认环境)
   conda info --envs
   conda environment
2. 添加新环境
   conda create -n environment-1 python=3 fastqc trimmomatic -y(指定python版本为3,同时安装fastqc trimmomatic两个软件)，然后查询
   添加新环境结果
3. 激活新conda环境
   source activate environment-1
   激活新环境
   可以看到此时root前方已有新环境，且*在新环境前方。
4. 卸载
   -卸载某环境中某软件：conda remove -n environment-1 fastqc -y

• 卸载环境:

先退出环境：
source deactivate environment-1
再卸载
conda remove -n environment-1 --all(卸载全部，包括环境)

Day3 Linux环境下的软件安装.png