call snp 建立索引

作者: bioshimmer | 来源:发表于2023-10-31 10:29 被阅读0次

关于call SNP无变异位点的解决方法
种群基因组学笔记
hisat2-build建立索引所需的SNP文件
3. SNP Calling
2021-01-05重测序数据call SNP 流程
Call种内微生物SNP用Parsnp
bcftools call snp
Freebayes Call SNP
深入了解snp-calling流程
VCF格式文件解读(转)

参考基因组索引：

bwa index Genome.fasta
java -jar /home/jpf/biosoft/picard/picard.jar CreateSequenceDictionary R=/data2/tmp/my_snakemake/refgenome/GCA_009078335.1_ASM907833v1_genomic.fna O=/data2/tmp/my_snakemake/refgenome/GCA_009078335.1_ASM907833v1_genomic.dict
samtools faidx /data2/tmp/my_snakemake/refgenome/GCA_009078335.1_ASM907833v1_genomic.fna

关于call SNP无变异位点的解决方法
本次使用bcftools call SNP 按以上流程跑完后，vcf文件没有call 出任何SNP。 bcftoo...
种群基因组学笔记
一、SNP分析内容（包括但不局限）：①call SNP的软件——freebayes；②计算全部SNP数量；③平均多...
hisat2-build建立索引所需的SNP文件
hisat2建立索引的时候支持将SNP的信息考虑进基因组中，在比对的过程中，不会将Alt SNP当做mismatc...
3. SNP Calling
以GATK流程为例，简单来说，SNP Calling主要包括以下几步： 1. 给参考基因组建立索引：samtool...
2021-01-05重测序数据call SNP 流程
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[https://www.jia...
Call种内微生物SNP用Parsnp
parsnp可进行核心基因组对齐、call核心基因组SNP、构建SNP进化树。 Github: https://g...
bcftools call snp
之前call snp 都是用samtool mpileup 以及bcftools view进行，但是版本更新忒快，...
Freebayes Call SNP
转载文章，原文地址：http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/254Fr...
深入了解snp-calling流程
https://ming-lian.github.io/2019/02/08/call-snp/[https://...
VCF格式文件解读(转)
1，vcf格式说明 VCF格式：Variant Call Format，用于记录variants (SNP / I...