实验环境：
windows + jdk1.6
需要的工具：
1).反编译包apktool.jar https://code.google.com/p/android-apktool/downloads/list
2).aapt.exe apktool.bat https://code.google.com/p/android-apktool/downloads/list
3).显示源代码工具（ java）JD-GUI http://jd.benow.ca/
4).keytool 和 jarsigner
5).将classes.dex转成jar文件 dex2jar https://code.google.com/p/dex2jar/
一.看android的源代码
1)将Apkd.apk 用zip解压后，出现了一个classes.dex文件
2014/02/19 19:42 <DIR> .
2014/02/19 19:42 <DIR> ..
2014/02/19 15:35 1,656 AndroidManifest.xml
2014/02/19 15:35 687,024 classes.dex
2014/02/19 15:49 <DIR> META-INF
2014/02/19 15:49 <DIR> res
2014/02/19 15:35 2,200 resources.arsc
2)进入到dex2jar目录中，运行情况如下：
D:\developer\tools\test_apk\dex2jar-0.0.9.15>dex2jar.bat "..\Apkd(d2j)\classes.d
ex"
this cmd is deprecated, use the d2j-dex2jar if possible
dex2jar version: translator-0.0.9.15
dex2jar ..\Apkd(d2j)\classes.dex -> ..\Apkd(d2j)\classes_dex2jar.jar
Done.
在apk所在的目录会出现 classes_dex2jar.jar 文件。
3) 用JD-GUI对jar包进行查看，可以查看源文件
二.反编译apk
1.在 下载 APKTOOL中的三个文件（aapt.exe、apktool.bat、apktool.jar）解压缩到你的Windows安装目录下，以方便使用Dos命令.
2012/12/06 11:44 854,016 aapt.exe
2014/02/19 17:15 277,372 Apkd.apk //示例用 apk文件
2012/12/23 23:39 92 apktool.bat
2013/02/03 02:37 2,655,843 apktool.jar
2.进入到apktool.bat所在的目录，运行：
apktool d Apkd.apk decode_dir
反编译后,decode_dir目录下的内容如下：
2014/02/19 17:16 716 AndroidManifest.xml
2014/02/19 17:16 237 apktool.yml
2014/02/19 17:18 <DIR> build
2014/02/19 17:16 <DIR> res
2014/02/19 17:16 <DIR> smali
此时我可以查看原文件AndroidManifest.xml了，也是查看smali源文件（是用smali语言写的，可以对照java看）。
三.APKTOOL的使用
1).decode
该命令用于进行反编译apk文件，一般用法为
apktool d <file.apk> <dir>
<file.apk>代表了要反编译的apk文件的路径，最好写绝对路径，比如C:\MusicPlayer.apk
<dir>代表了反编译后的文件的存储位置，比如C:\MusicPlayer
如果你给定的<dir>已经存在，那么输入完该命令后会提示你，并且无法执行，需要你重新修改命令加入-f指令
apktool d –f <file.apk> <dir>
这样就会强行覆盖已经存在的文件
2).build
该命令用于编译修改好的文件，一般用法为
apktool b <dir>
这里的<dir>就是刚才你反编译时输入的<dir>（如C:\MusicPlayer）,输入这行命令后，如果一切正常，你会发现C:\MusicPlayer内多了2个文件夹build和dist，其中分别存储着编译过程中逐个编译的文件以及最终打包的apk文件。
3).install-framework
该命令用于为APKTool安装特定的framework-res.apk文件，以方便进行反编译一些与ROM相互依赖的APK文件。具体情况请看常见问题
四.smali与java源码对照，并做出相应的修改
java源代码：
import android.os.Bundle;
import android.app.Activity;
import android.view.Menu;
import android.widget.*;
public class MainActivity extends Activity {
@Override
protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
super.onCreate(savedInstanceState);
setContentView(R.layout.activity_main);
TextView a = (TextView)this.findViewById(R.id.test) ;
a.setText("raoliang");
}
@Override
public boolean onCreateOptionsMenu(Menu menu) {
// Inflate the menu; this adds items to the action bar if it is present.
getMenuInflater().inflate(R.menu.main, menu);
return true;
}
}
对应的smali源代码：
.class public Lali/text/apkd/MainActivity;
.super Landroid/app/Activity;
.source "MainActivity.java"
# direct methods
.method public constructor <init>()V
.locals 0
.prologue
.line 8
invoke-direct {p0}, Landroid/app/Activity;-><init>()V
return-void
.end method
# virtual methods
.method protected onCreate(Landroid/os/Bundle;)V
.locals 2
.parameter "savedInstanceState"
.prologue
.line 12
invoke-super {p0, p1}, Landroid/app/Activity;->onCreate(Landroid/os/Bundle;)V
.line 13
const/high16 v1, 0x7f03
invoke-virtual {p0, v1}, Lali/text/apkd/MainActivity;->setContentView(I)V
.line 14
const/high16 v1, 0x7f08
invoke-virtual {p0, v1}, Lali/text/apkd/MainActivity;->findViewById(I)Landroid/view/View;
move-result-object v0
check-cast v0, Landroid/widget/TextView;
.line 15
.local v0, a:Landroid/widget/TextView;
const-string v1, "raoliang"
invoke-virtual {v0, v1}, Landroid/widget/TextView;->setText(Ljava/lang/CharSequence;)V
.line 16
return-void
.end method
.method public onCreateOptionsMenu(Landroid/view/Menu;)Z
.locals 2
.parameter "menu"
.prologue
.line 21
invoke-virtual {p0}, Lali/text/apkd/MainActivity;->getMenuInflater()Landroid/view/MenuInflater;
move-result-object v0
const/high16 v1, 0x7f07
invoke-virtual {v0, v1, p1}, Landroid/view/MenuInflater;->inflate(ILandroid/view/Menu;)V
.line 22
const/4 v0, 0x1
return v0
.end method
通过对比可以看到，常量是没有必变的，可以根据的smali的语法，进行相应的修改
五.3、打包、签名和安装修改后的apk
修改完了，就可以打包回apk了。执行以下命令：
apktool b decode_dir
在mygame目录下的dist在会看到打包好的apk。
当然，现在一般是无法安装的，因为apk还没有签名。下面就来签名。签名需要keystore文件，我已经有专用的keystore了，如果还没有，请参阅这里进行生成。
执行以下命令为重新编译的my_game.apk签名：
jarsigner -verbose -keystore demo.keystore Apkd.apk demo.keystore
最后，在安装到手机前，需要把手机中的已有版本先卸载，因为如果签名不同，是不能覆盖安装的，会提示“应用程序未安装”错误。
完整的运行情况如下：
D:\developer\tools\test_apk\new\decode\dist>keytool -genkey -alias demo.keystore -keyalg RSA -validity 40000 -keystore demo.keystore
输入keystore密码：
再次输入新密码:
您的名字与姓氏是什么？
[Unknown]： rao
您的组织单位名称是什么？
[Unknown]： rao
您的组织名称是什么？
[Unknown]：
您所在的城市或区域名称是什么？
[Unknown]：
您所在的州或省份名称是什么？
[Unknown]：
该单位的两字母国家代码是什么
[Unknown]：
CN=rao, OU=rao, O=Unknown, L=Unknown, ST=Unknown, C=Unknown 正确吗？
[否]： y
输入<demo.keystore>的主密码
（如果和 keystore 密码相同，按回车）：
D:\developer\tools\test_apk\new\decode\dist>jarsigner -verbose -keystore demo.keystore Apkd.apk demo.keystore
输入密钥库的口令短语：
正在添加： META-INF/MANIFEST.MF
正在添加： META-INF/DEMO_KEY.SF
正在添加： META-INF/DEMO_KEY.RSA
正在签名： res/drawable-hdpi/ic_launcher.png
正在签名： res/drawable-mdpi/ic_launcher.png
正在签名： res/drawable-xhdpi/ic_launcher.png
正在签名： res/drawable-xxhdpi/ic_launcher.png
正在签名： res/layout/activity_main.xml
正在签名： res/menu/main.xml
正在签名： AndroidManifest.xml
正在签名： classes.dex
正在签名： resources.arsc
D:\developer\tools\test_apk\new\decode\dist>
到此为止，修改后的apk可以正常的安装了，不过，在安装之前，必须要先卸载以前的apk，不能直接替换（因为签名不一样）
参考 这里 http://developer.android.com/tools/publishing/app-signing.html
六.常见的问题
参考 这里吧，貌似比较不错
七.参考文档
apktool反编译详细使用教程 http://bbs.lidroid.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102159
APKTOOL的使用心得 http://www.cnblogs.com/CuriosityWzk/archive/2012/01/06/2315150.html
Signing Your Applications http://developer.android.com/tools/publishing/app-signing.html
Smali--Dalvik虚拟机指令语言-->【android_smali语法学习一】 http://blog.csdn.net/wdaming1986/article/details/8299996
Android中的签名机制 http://wenku.baidu.com/link?url=dLZZuD8yYUXHpkb97XLW9TMJWGpe05_l2TAV7Hxy_mVwHwQ4A57x-aRUYgk1bl6ybaBZwy9NhUI_96ubEg9oehTLkTfNaVlRHsTp4ZYjx-W
http://code.google.com/p/android-apktool/wiki/FrameworkFiles
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