RPKM与FPKM

1、RPKM reads Per Kb per million reads
RPKM=10^6*C / (NL/10^3)
C为唯一比对的基因A的read是数
N是唯一比对到参考基因的read数
L是基因编码区碱基数目
作用：消除不同基因长度与测序深度的影响,如果一个基因存在多个转录本， 则用该转录本最长计算覆盖度和表达量

2、FPKM 每一百万Map上的reads中map到外显子的每1k个碱基的reads数目
FPKM= total exon fragemnets / mapped reads(millions)*exon length(kb)
可变剪切转录本，难以比对回去，RPKM不适用，而fpkm是计算外显子部分，所以适合。
FPKM对各个可变剪切转录本，进行加权平均