gene symbol 与 entrezid 转换
library(clusterProfiler)
library(org.Mm.eg.db)
deg <- read.csv("WT-VS-KO.csv")
head(deg)[1:3,1:11]
#id转换
entrezid <- bitr(deg$GeneSymbol,fromType = "SYMBOL",toType = "ENTREZID",OrgDb = "org.Mm.eg.db",drop = T)
#fromType是指你的数据ID类型是属于哪一类的
#toType是指你要转换成哪种ID类型，可以写多种，也可以只写一种
#Orgdb是指对应的注释包是哪个
准备工作 这里进行包的导入 基因ID类型的转换 bitr转换 参数： x：基因ID向量 fromType：目前基因...
#BiocManager::install("clusterProfiler") #BiocManager::in...
gene symbol 与 entrezid 转换
参考Gene id 转换(四种基因各种id转换方法)[https://blog.csdn.net/weixin_4...
1.一开始是在DAVID中：不过转换后的结果有些不全； https://david.ncifcrf.gov/ 2....
01.需求 TCGA的RNA-seq数据使用的geneid是ensembl id,两个常见的需求： 1.差异分析结...
之前写过一个【基因id转换】的脚本，是针对fasta文件的。 一些软件对基因id的长度有一定限制，改完基因id跑完...
富集分析：GO、KEGG id转换：bitr() 输入数据：差异基因的entrezid；所有基因的entrezid...
在玉米的基因或基因组研究中常常需要用到基因ID转换的问题，这里我将用的方法介绍一下： 部分ID新旧版本基因组的基因...
基因ID转换有很多方法，对高手如饮水吃饭，对新手来说却是很难逾越的高山，我推荐两个简单迅速的方法： 一 网页工具 ...
本文标题：基因id转换
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/oypmnrtx.html
网友评论