美文网首页
ascper connect 的安装与使用

ascper connect 的安装与使用

作者: dming1024 | 来源:发表于2019-04-30 22:16 被阅读0次

    下载aspera-connect软件 https://downloads.asperasoft.com/connect2/

    解压软件包

    tar zxf ibm-aspera-connect-ibm-aspera-connect-3.8.3.170430-linux-g2.12-64.tar.gz
    

    安装aspera

    cd aspera
    ./ibm-aspera-connect-ibm-aspera-connect-3.8.3.170430-linux-g2.12-64.sh
    
    echo 'PATH=$PATH:~/.aspera/connect/bin'>> ~/.bashrc
    source ~/.bashrc
    ascp --help
    

    先查找要下载的sra号在ftp上的路径,ascp 匿名下载至./目录下

    ascp -T -l 100M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --host=ftp.ncbi.nlm.nih.gov --user=anonftp --mode=recv /sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR629/SRR6291212/SRR6291212.sra ./#下载到当地目录
    

    批量下载,file_list要有完整的路径

    ascp  -i  ~/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host ftp.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp   --file-list  file_list.txt ./ &
    

    scp命令由ubuntu终端上传文件到服务器

    scp yourfilename username@ip.addre.ss.ss:/home/yourfile
    

    下载基因组数据

    ascp -T -l 100M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --host=ftp.ncbi.nlm.nih.gov --user=anonftp --mode=recv /genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/seq/*.fa.gz ./
    

    我在下载以及在使用ascper时,也参考了一些教程,这里实在抱歉,忘记了参考的出处了,如果有作者发现代码一样的话,可以联系我。

    相关文章

      网友评论

          本文标题:ascper connect 的安装与使用

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/oyubnqtx.html