下载aspera-connect软件 https://downloads.asperasoft.com/connect2/
解压软件包
tar zxf ibm-aspera-connect-ibm-aspera-connect-3.8.3.170430-linux-g2.12-64.tar.gz
安装aspera
cd aspera
./ibm-aspera-connect-ibm-aspera-connect-3.8.3.170430-linux-g2.12-64.sh
echo 'PATH=$PATH:~/.aspera/connect/bin'>> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
ascp --help
先查找要下载的sra号在ftp上的路径,ascp 匿名下载至./目录下
ascp -T -l 100M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --host=ftp.ncbi.nlm.nih.gov --user=anonftp --mode=recv /sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR629/SRR6291212/SRR6291212.sra ./#下载到当地目录
批量下载,file_list要有完整的路径
ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host ftp.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --file-list file_list.txt ./ &
scp命令由ubuntu终端上传文件到服务器
scp yourfilename username@ip.addre.ss.ss:/home/yourfile
下载基因组数据
ascp -T -l 100M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --host=ftp.ncbi.nlm.nih.gov --user=anonftp --mode=recv /genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/seq/*.fa.gz ./
我在下载以及在使用ascper时,也参考了一些教程,这里实在抱歉,忘记了参考的出处了,如果有作者发现代码一样的话,可以联系我。
网友评论