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Assembly--软件PBcR和Canu

Assembly--软件PBcR和Canu

作者: 晓佥 | 来源:发表于2019-06-10 08:23 被阅读39次

    1.PBcR

    下载说明页:
    http://wgs-assembler.sourceforge.net/wiki/index.php?title=PBcR

    安装:

     bzip2 -dc wgs-8.3rc2.tar.bz2 | tar -xf -
     cd wgs-8.3rc2
     cd kmer && make install && cd ..
     cd src && make && cd ..
    

    1.PBcR是混合组装工作流。工作原理是首先提高单分子序列的准确性,然后组装改进的序列
    2.组装PacBio或Oxford Nanopore数据
    3.perl程序所写,需要的模块较多
    4.Celera Assembler算法
    5.不再被维护



    测试数据: Lambda Phage(噬菌体)
    命令行:
    PBcR PBcR -length 500 -partitions 200 -l lambda -s pacbio.spec -fastq pacbio.filtered_subreads.fastq genomeSize=50000
    fastqToCA -libraryname illumina -technology illumina -type sanger -innie -reads illumina.fastq > illumina.frg
    PBcR -length 500 -partitions 200 -l lambdaIll -s pacbio.spec -fastq pacbio.filtered_subreads.fastq genomeSize=50000 illumina.frg

    -s pacbio.spec

    2.Canu

    安装:
    git clone https://github.com/marbl/canu.git
    cd canu/src && make
    Canu是一个分层组装管道,分四个步骤运行:

            1.使用MHAP检测高噪序列中的重叠
            2.生成校正的序列共识
            3.修剪校正序列
            4.组装修剪后的校正序列
    

    组装PacBio或Oxford Nanopore序列


    测试数据:大肠杆菌K12
    下载:
    curl -L -o pacbio.fastq http://gembox.cbcb.umd.edu/mhap/raw/ecoli_p6_25x.filtered.fastq
    命令行:
    canu -p ecoli -d ecoli-pacbio genomeSize=4.8m -pacbio-raw pacbio.fastq

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