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转录组分析 上游分析2

转录组分析 上游分析2

作者: 八段锦1134 | 来源:发表于2021-01-09 23:46 被阅读0次

小知识

ctrl +z:任务停止并提交到后台
bg:使任务在后台运行
fg:使任务在前台运行
jobs:查看当前正在执行的任务

gff是注释文件

有9列

每一列都是什么?
1列 是id,这图里面是1号染色体,也可以是contig编号。
2列 注释的来源,比如havana、ensemble,未知用.表示。
3列 类型,比如外显子exon,基因gene等等。
4列 是序列片段的起点位置
5列 是序列片段的终点位置(5列-4列+1就是这个序列片段的长度)
6列 得分score,不太理解
7列 +表示正链,-表示负链条,.表示不指定正负链
8列 步进phase,不太理解
9列 其他很多属性都存在这一列里了,包括后期分析要提取ID都存在这里面

有参考基因组的转录组上游分析基本流程:

图片.png

而无参考基因组的转录组就只有自己拼接了,具体流程等下个月拿到数据一边学习一边做,这里先把有参的流程好好再跑一遍。

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