小知识

ctrl +z：任务停止并提交到后台
bg：使任务在后台运行
fg：使任务在前台运行
jobs：查看当前正在执行的任务

gff是注释文件

有9列

每一列都是什么？
1列 是id，这图里面是1号染色体，也可以是contig编号。
2列 注释的来源，比如havana、ensemble，未知用.表示。
3列 类型，比如外显子exon，基因gene等等。
4列 是序列片段的起点位置
5列 是序列片段的终点位置（5列-4列+1就是这个序列片段的长度）
6列 得分score，不太理解
7列 +表示正链，-表示负链条，.表示不指定正负链
8列 步进phase，不太理解
9列 其他很多属性都存在这一列里了，包括后期分析要提取ID都存在这里面

有参考基因组的转录组上游分析基本流程：

图片.png

而无参考基因组的转录组就只有自己拼接了，具体流程等下个月拿到数据一边学习一边做，这里先把有参的流程好好再跑一遍。