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2020-02-22提高运行速度

2020-02-22提高运行速度

作者: 锅炉工的自我修养 | 来源:发表于2020-02-22 23:24 被阅读0次

小结

    1. 核数与运行时间的关系

IO占比:(1 - cpu计算时间 / 实际消耗时间)*100%
大间隔:把存储b2time.nc和tallies.nc的步长1变成10

运行核数 每步CPU时间(s) 预计运行时间(d-h:m) IO占比(%)
1 11.338 2-08:08 43.73
2 10.397 2-12:26 52.24
4 6.582 2-04:25 65.09
4_大间隔 6.571 2-04:18 65.11
8 6.500 1-23:11 61.76
16 5.521 1-13:41 59.33
  • 并行程序存在问题(默认不打开mpi)
  • 通过增大*.nc的写入间隔对减少运行时间,本测试未发现显著影响
  • set_mpi默认不打开,通过将命令添加到set.csh运行SOLPS默认打开
  • 打开set_mpi,能够降低运行时间,但是IO占比似乎太高(cpu计算时间/实际消耗时间)

- 2. 预测结束时间与实际结束时间符合的很好

预计结束时间


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实际结束时间


image.png

- 1. 准确预测case结束时间

cpu命令提示的运行时间与实际消耗时间差异较大

  • cpu time: cpu运行占用的时间
  • 计算资源占用时间
  • 逝去时间——实际消耗的时间
  • 每一步运行的时间
    1. 对比b2mn.dat 测试减少IO次数是否能有效减少时间
    1. 重新定义运行时间

获得已运行实际时间

cpu | grep -i total | awk '{print $6}' # 获得总时间(second)
    1. 测试影响运行速度的因素

16 核


image.png

8核


image.png

如何确保打开mpi?每次都确认?4核 open mpi

4核减少 IO


image.png

4 核


image.png

2 核


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1 核


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如何设置set_mpi默认打开?每个case都设置?

set_mpi:     aliased to source $SOLPSTOP/SETUP/mpi

新开始运行,默认不打开mpi
/home/zhangyanjie/SOLPS_newest_bak/solps-iter/modules/B2.5/builds/couple_SOLPS-ITER.DUT-PSI.ifort64/b2mn.exe

大间隔对 2dt nesepm 分辨率的影响很小


大间隔
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