Graphpad绘制基因散点图

在基因表达谱数据分析中，经常会使用到散点图比较组间基因表达量的差异，这也是文献中常见类型统计图。如下图所示，可以直观地呈现不同试验处理组之间，或者正常人群与疾病人群个体之间的某些基因表达水平的不同，所来源的表达谱数据可以是RNA-seq、芯片或者是qPCR定量。

那么，如何绘制这类组间比较的散点图呢？今天给大家推荐一个好工具，Graphpad。Graphpad是常用的数据分析和作图软件，集统计和作图于一身，不仅能够绘制多种样式的好看散点图，而且还能够计算组间差异并将显著性标识出来，可谓是简单方便且高效。

那么如何使用Graphpad绘制基因散点图呢？我们就以下方这个散点图为例，来一步步演示吧。

1 数据准备

绘制散点图需要分组数据和基因表达量数据，将数据整理成表格。

（1）samples：样品编号；（2）group：分组信息，示例文件使用Tumor和Normal两组；（3）gene：基因的表达量信息。

2 Graphpad中使用t检验计算p值

接下来，打开Graphpad，选择Column --> Enter replicate values, stacked into columns，点击Create。

在Excel中点击筛选，将Normal和Tumor的结果分别复制到Graphpad中。

点击Analysis，选择t tests (and nonparametric tests)。

点击OK，就能得到t检验的结果p值了。

3 绘制基因散点图

最后就是绘图了，点击Graphs中的Data 1，选择Scatter plot，点击OK。

双击y轴，修改相关参数。取消选择Automatically determine the range and interval。修改Minimum（y轴最小值）、Maximum（y轴最大值）和Major ticks interval（坐标间隔）。

双击绘图区域，在Data set中选择Data 1:Normal，修改Shape（形状）、Border color（颜色）、Line and error go（误差线位置）、Show legend（图例）等参数；将Data set修改成Data 1:Tumor，修改相同的参数。

点击Draw下的箭头，找到合适的图形添加到图中合适位置上。

将p值结果输入到标题，并修改x轴和y轴标题，并将图例调整到合适的位置，基因散点图就绘制完成了。

结果还是非常漂亮的对不对？