一、解释一

这里注意HaplotypeCaller只能处理单样本文件，当有多样本时，官方建议使用HaplotypeCaller对单bam文件分别进行变异检测，生成GVCF文件，GVCF会记录每一个位点到情况，包括有无突变，VCF只记录突变位点情况，之后在下一步对GVCF文件进行合并。

作者：Wei_Sun
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二、解释二

gvcf文件与vcf文件都是vcf文件，不同之处在于gvcf文件会记录更多的信息，这里更多的信息指的是未突变的位点的覆盖情况，从下面的图我们可以直观的看出两者的区别

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可以看到，gvcf文件也分两种，一种是-erc gvcf ，另一种是 -erc bp_resolution,这两种gvcf文件的区别在于前一种gvcf文件记录非突变位点的时候，以块的形式来记录，而后一种gvcf文件则是对非突变和突变位点一视同仁，前一种方式是为了有效的压缩文件的行数和大小，对后续的分析没有影响，因此这里推荐使用前一种gvcf文件。

那么为什么要使用gvcf文件而不是vcf文件呢？这里主要的原因在于多个样本的vcf文件进行合并的时候，需要区分./.和0/0的情况，./.是未检出的基因型，而0/0是未突变的基因型，如果仅使用普通的vcf文件进行合并，那么就无法区分这两种情况，进而对合并结果产生偏差。实际上，我们也可以直接将gvcf文件和vcf文件使用bcftools merge进行merge，但是这样拿到的结果会有偏差，因为vcf文件没有未突变的位点的情况。
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三、总结：

在处理单样本时：
可以直接使用VCF文件
在处理多样本时：
由于使用普通的vcf文件进行合并，无法区分./.和0/0的情况（./.是未检出的基因型，而0/0是未突变的基因型），会使结果出现偏差。所以，当有多样本时，官方建议使用HaplotypeCaller对单bam文件分别进行变异检测，生成GVCF文件之后在下一步对GVCF文件进行合并。