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韦恩图绘制工具推荐

韦恩图绘制工具推荐

作者: drlee_fc74 | 来源:发表于2020-10-31 12:40 被阅读0次

    在数据可视化的时候,对于两个分类或者多个数据集来进行交集和并集可视化经常要用到韦恩图(Venn)来进行展示。对于韦恩图可视化,网上还是有很多相关的工具的。但是韦恩图绘制工具的,图形调整度没那么自由,进而就导致绘制的图形比较难看。所以今天就来推荐一个在线绘制韦恩图的工具。

    关于韦恩图

    当我们有两组或者多组数据需要进行交叉分析的时候,往往第一步是要对这些数据进行交叉信息进行简单的统计。来看看这些数据当中的哪些数据是有交叉的,哪些是没有交叉的。例如,我们有一个TCGA数据集分析的差异表达基因,还有一个利用自己测序的数据分析获得的差异表达基因。我们想要看看这些基因有哪些是共同存在差异的,这个时候就可以用韦恩图来进行展示。

    韦恩图当中,每一个数据集是一个独立的形状(一般是圆形)。通过计算各个数据集彼此的重叠程度,进而来对不同的形状进行重叠,最后得到一个可以展示不同数据集重叠的图形。

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    简单的韦恩图,其实利用AI都可以自己绘制。我们其实只需要画几个圆,然后进行各自的重叠,进而把各自重叠的个数放里面就可以。另外还有一些VENN图,对于代表数据的圆,可以基于数据的大小而变化,这样看着更加合理一些。

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    所以今天就来介绍几个用来绘制好看的韦恩图的软件。

    eulerr

    今天介绍的这个绘制韦恩图的工具,其实是一个R包的网站版本。在R语言当中,我们可以在eulerr包来进行绘图。如果我们不会编程的话,可以通过其在线的工具(http://eulerr.co/)来进行绘图。

    基本使用很简单,我们需要的就是要统计出各个数据集当中各个可能分组的个数。输入到相关的位置即可。

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    对于这个软件,优点当时,可以进行各种自定义的调整,但是缺点是需要自己来统计各个分组当中的个数。并且网络版的有时候网不好,容易中断。

    funrich

    funrich本身开发的目的主要还是来做富集分析的一个客户端软件。但是其中有一个功能是来进行韦恩图绘制的。并且韦恩图绘制的效果也挺好看。所以就还是挺推荐使用的。关于funrich。由于是客户端的软件。所以需要去:http://www.funrich.org/来进行软件的下载。需要注意的是,这个软件只有windows版本。对于其他的操作系统就不能使用了。

    整个操作系统很简单,这里就不做演示了(主要是笔者电脑系统不匹配)。所以就放一张这个软件可以做的图吧。一下就是一个四个集合绘制的韦恩图。

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    韦恩图的替代

    对于韦恩图而言,如果是五个以下的数据来进行取可视化的话,还是可以很清楚的展示数据的分组的。但是如果是多余五个数据集的话,就比较推荐使用upset图了。关于upset图主要还是分成三个部分,每个部分的意思可以在下面的图中看到。这里就不做过多介绍了。

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    关于upset的绘制的话,我们之前介绍过的tbtools是可以绘制的。另外tbtools也是可以绘制韦恩图的。所以还是很推荐的。

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