数代以来，准噶尔汗国一直是大清王国最大的威胁。它一直虎视眈眈，企图恢复大元旧业。康雍时代，最多也只是与它打个平手。
乾隆自即位以来，虽然天下太平，乾隆却一直警惕地关注着大清的西部版图，凡有准噶尔的消息，他都不放过。早在乾隆十五年，准噶尔汗国已经有一千多户东迁到察哈尔，归附了清朝。乾隆毫不犹豫地接纳了他们，从这些人嘴里，他获取了大量的情报信息。
终于，机会来了，乾隆终于等到了准噶尔历史上最虚弱的时期，他决定迅速出兵，扫灭准噶尔汗国。
但这个决定遭到大臣们反对，理由有三：
一是所谓“兵者不祥之器”。20多年前的和通泊之败在大清官员心中留下的阴影太深了，一提起准噶尔，他们就心惊胆战。在他们看来，蒙古人不来进攻大清已经是谢天谢地了，大清怎么可以主动挑起战端呢？
二是清王朝和准噶尔汗国已经共享了20年的和平，双方都从这种和平中得到了巨大的利益。
三是20多年没有大规模战争，全国上下已经习惯了和平，如今突然要大规模对外作战，人们毫无精神准备。况且战争是天底下最花钱的事。特别是远赴西域，而且一旦战争失败，那么这些草原狼很有可能乘胜追击，一举深入内地，给大清帝国带来难以承受的灾难。
但乾隆认为非战不可，他也有自己的理由。
此时的准噶尔确实处于衰弱时期，兵无斗志。而清朝经过三代经营，国力强盛。此时兴师，十拿九稳。而且他知道准噶尔表面上只是大清边疆上的一处癣疾，实际上却是关系到整个陆地边疆稳定的核心。准噶尔地势险要，向南可以控制西藏，向东可以统一蒙古。这个国家的存在关系到西藏和东蒙古的稳定。如果不消灭这个汗国，西藏和蒙古就永无宁日。
他希望大清江山的永远巩固，因此，他要从内外两方面，尽可能彻底地消除威胁大清国家安全的任何因素。除了皇室、亲贵、朋党和太监等内部因素，还需要建立一个长治久安的外部环境。
他有这样的雄心壮志，更有这个能力，至少他自己是这么认为的。
乾隆二十年（1755年）二月，清军分两路出师，由于路途遥远，时间紧迫，粮草准备不充分，乾隆甚至还命令每名士兵自背可吃两个月的口粮，其余口粮，靠沿路抢掠。
虽然此举后来因失民心导致平叛屡屡受挫，因而改变作战方式，但仍不难看出乾隆为达目的而不择手段。
乾隆二十二年（1757年）三月，第三次进兵。这一次，他终于顺利摘取了胜利果实。但乾隆仍然放不下心来。
这场战争耗资巨大，损失惨重，耗时长，三年三次战争，完全在乾隆的预计之外，他有些恼羞成怒。而战争过程中准噶尔部蒙古人表现出的强悍倔强，也令乾隆心生后怕。他十分担心数十年后，准噶尔部蒙古人春风吹又生，重新成为大清的敌人。
经过深思熟虑之后，他做出了一个惊人的决定：对准噶尔部蒙古人，除了杜尔伯特部外，“总以严行剿杀为要”。
其实，在整个平准战争中，“残酷”一直是主旋律。头两次平准战争虽然没有出现有计划的大屠杀，但在进军过程中，清军一直是以抢劫作为补充军粮的唯一手段。那些被抢走了所有牲畜的准噶尔蒙古人后来大多死于饥饿。
在第二次出兵时，清军已经开始大肆屠杀平民。他们“宁可错杀一千，不可放过一个”，凡遇到可疑的蒙古民众，一律杀掉了事。
乾隆二十一年（1756年）八月，厄鲁特的一位部落首领敦多克带领几名亲信前来投降。清军认为他们形迹可疑，不敢断定是否真降，遂将敦多克等人“俱行诛戮”，随后又带领大军来到这个部落的游牧地，把毫无准备的1700户牧民“悉行剿灭”。
如果前两次屠杀尚属带有偶然性的局部事件的话，在第三次平准战争中，屠杀则演变成了一场周密的部署。
乾隆二十三年（1758年）春天，数千名大清兵丁在伊犁附近的赛里木湖围猎新疆准噶尔部落的蒙古族平民。
他们进入一条条山谷，沿河而上，细细搜索，遇到蒙古包，就冲进去，把里面的人统统砍死。
赛里木湖畔的一支蒙古小部落，一个个牧民被清军从帐篷里赶了出来，不到半个时辰，这个小部落的一千多人全部被赶到了湖边。在清军的指挥下，他们中的四百多名男人被挑了出来，每十人为一队，被拉到一个低洼处，挨个儿斩首。鲜血流进赛里木湖，近岸的湖水被染得赤红。
在处理男丁的同时，在另一侧，分配女人和孩子的工作也在有条不紊地进行。清军从队伍中挑选那些年轻有姿色的女人，以及看起来伶俐聪明的孩子，准备运回内地，作为奴隶。后来这些人大多死在路上。
这只是一个小小的场景。
后来，清军每到一处，只要遇到蒙古人都会赶尽杀绝。如果遇到大量的投降者，一时杀不过来，“难保无一二逃窜之人，泄漏其事”，令其他部落的人闻讯逃跑。所以他命令，把那些大批投降的蒙古人，要一批批地押送到甘肃内地之后，再全部处死。
这次种族大屠杀的死亡数字，历史上无准确记载。《准噶尔灭亡纪略》中说，屠杀了超过一百万。种族灭绝，在乾隆看来无疑是消除西部边疆威胁的最彻底、最有效的办法。
通过灭绝政策，乾隆皇帝实现了对西部中国前所未有的牢固控制。他把这片土地命名为新疆，中央政府真正在这里建立了彻底、有力的统治。这一统治建立得相当牢固，在此之后的晚清时期，虽然列国对清朝瓜分蚕食，但新疆一直没有再次分裂出去。
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