写在前面
或许已经有不少朋友注意到，最迟从2023年年初起，我对外提及 TBtools 时，或者在文稿中笔及 TBtools 时，用的都是「生物软件」，而不是「生信软件」。这个说法的变化，不仅仅是一个文字的变化，更多的认知的变化，我个人思考的变化，以及对 TBtools 开发定位的变化。
如果说的不好听一点，那么就是尽管 TBtools 已经有超过30万用户，而我们才刚刚找准定位，回归初心。
随意写写
长假最后一天，吴总带娃在儿童游乐园。我则在上下楼层找了一圈，找到一家距离近，可以给笔记本充电的奶茶店，索性就坐下来，准备发呆，或者开始今天的工作。
总的来说，长假中~5天，陈及时发烧后，基本也就没闲着，在家看娃。好在小伙子身体不错，恢复得很快，于是今天才能来游乐园（与两个姐姐一起）。
干着活，想起了一直想写，但是没写的一个思考片段，大体如题。
我的思考
早前，TBtools-I（版本1，2020年发表）对外说明和推介的时候，我会「大言不惭」地说，写的是一个生信小工具，有些人会说 TBtools 是一个生信软件。但慢慢地，我开始觉得这不太对。尤其是版本1 发表后，这两三年不时在软件上思考。
如果是 TBtools 是一个生信软件，那么似乎并没有太多做做生信的朋友在使用这个软件，尽管我必须说明的是，TBtools主要用于分析一些生物大数据。所以，其实他一样下去，应该是一个生信软件。
但细究下去，他似乎不是一个生信软件。我们很多时候一说到生信软件，会说这个软件可以做这个分析，做那个分析。但是你很难说 TBtools 能做什么分析，他毕竟是一个综合性软件，这个可以分析，那个可以分析，说不出来他能分析啥，但是似乎又啥都能干。是这样吗？显然不是。他能干的很多，但是他能干的事情又很少。听起来自相矛盾，其实不然。这主要看，到底谁来做评判？
如果是一个专门做生信开发的人来看，那么TBtools用的功能可能很少，当然我必须说，TBtools 有很多我们自己开发的算法和逻辑，也是非常优秀，这样来看，他并不是一个生信软件，而且肯定不是；如果是一个主要走生信数据分析，或者我们应该说，是做生信应用研究的，那么 TBtools 其实确实可以说是一款生信软件，因为他的功能挺全面，可以做不少分析，常常市面上可能并没有表现得更稳健的（注意到，更稳健的意思是对输入数据格式的要求没那么严格，但是结果是准确的，尽管运行速度不是最快的）；如果是一个几乎完全是湿实验背景的人来评价，那么TBtools或许确实应该是一款生信软件，他能做很多看起来就是生信数据分析的工作。
所以，到底TBtools是不是一个生信软件？不是。
从用户中来，到用户中去
写到此处，我想起来与 TopEdit 创始人张宁博士聊到其企业发展方向时，谈到了定位与规划。此刻深有感触，定位不是一开始就定位的，而是走到一定的阶段，归纳总结，从众多方向中选择一个认为对的方向，然后定下来。或许应该说，这是一场「豪赌」，输赢自然未知。至于 TBtools，重新再捋一捋：
- 开发者本身是湿实验出身，逻辑上最能理解，且能够理解的是湿实验的需求；
- 主要用户群体是湿实验科研人员，所以需要去解决一些湿实验工作者的需求。
锚定湿实验，TBtools 就不可能发展成为一个「生信」软件，因为本身功能就极少有做海量计算的。相似的，绝大多数 TBtools 的功能是针对植物学科研来开发的，所以本质上 TBtools 具有的是植物的基因。与「生信软件」不同，我们会发现，TBtools 与诸如大伙熟悉的常常被绿化的软件，BioEdit，DNAman，DNAstar 等等更像是一类，这些软件，一般我们会叫他们「生物软件」。而 TBtools 唯一不同，那就是解决另外的没有被注意到的生物学科研需求。
所以，从当前情况和发展方向来说，TBtools 是一个生物软件。
写在最后
身体和思考，总要有一个在路上。与各位共勉~ 此外，TBtools-II 正式发表，TBtools-I 也就正式退居幕后。我相信已经超过一半的朋友使用的是 TBtools-II。至于更好地了解 TBtools-II，尤其是插件模式和插件生态。大伙可以关注我们近期发表在 Molecular Plant 上 TBtools-II 的论文。
PS：如果仍然使用TBtools-I，请引用 TBtools-I 的论文；如果使用的是 TBtools-II，则引用 TBtools-II 的论文，如下。当然我推荐使用 TBtools-II。
https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052(23)00281-2
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