学习小组Day-3笔记 会飞的蚂蚁

浅入Linux-2

安装 miniconda软件及其简单使用

• 什么是miniconda
  “conda就好比windows里面的360，但是不会像360那样流氓”---某生信大佬

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松 Anaconda则是一个打包的集合，里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等，就是把很多常用的不常用的库都给你装好了。Miniconda，顾名思义，它只包含最基本的内容——python与conda，以及相关的必须依赖项，对于空间要求严格的用户，Miniconda是一种选择。就只包含最基本的东西，其他的库得自己装
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• 安装minicoda
  首先要去conda的中国镜像站点（如清华）去找到服务器响应的较新版本

  
  image.png
  

  然后复制连接到conda 前面输入命令 wget 此时会将conda的下载到相应的目录
  然后bsh conda 进行安装并用source ~/.bashrc命令来激活conda

• 安装软件
  conda就好比一个电视机要想查看节目必须选择频道即对conda添加镜像，以下是清华提供的镜像：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

以fastqc软件为例讲述软件安装

1. 在conda搜索软件:conda search fastqc
2. 找到相应的软件版本安装： conda install fastqc -y
3. 删除软件： conda remove fastqc -y

• 建立新的conda环境

1. 查看已存的conda环境：conda info ---envs
2. 建立新的环境： conda create -n 环境名 python=版本
3. 激活新的环境：conda activate rna-seq