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如何更新centos服务器的R语言版本到4.1.0(需要root

如何更新centos服务器的R语言版本到4.1.0(需要root

作者: 卖萌哥 | 来源:发表于2022-05-30 12:20 被阅读0次

    首先声明这个办法需要有root权限,如果你没有权限的话那就不用继续往下看了。如果你刚好有,那么这个流程可能是最简单的流程了。

    我们组的服务器的R版本以前一直是4.0.3,但是由于软件一直在升级,导致我们实验室开发的TSSr无法在4.0及以下的R版本上安装,必须要高于4.1.0才可以,因此要升级一下默认的R的版本。我也尝试过用conda安装的R4.1.0,但是在安装包的时候一直会遇到奇怪的报错,无法解决。因此就打算更新一下系统默认的R包。

    可参考的教程:

    https://docs.rstudio.com/resources/install-r/#

    下载R的安装包

    export R_VERSION=4.1.0
    curl -O https://cdn.rstudio.com/r/centos-7/pkgs/R-${R_VERSION}-1-1.x86_64.rpm
    

    这里如果你要下载更新的版本,比如4.1.3,只要 export R_VERSION= 的地方填入你需要的版本号就可以了。

    用yum安装下载好的R的安装包

     sudo yum install R-${R_VERSION}-1-1.x86_64.rpm
    

    默认是安装到 /opt/R 的下面。

     tree -L 3 /opt/R
    /opt/R
    ├── 4.0.3 #这个是之前的版本
    │   ├── bin
    │   │   ├── R
    │   │   └── Rscript
    │   ├── lib
    │   │   ├── pkgconfig
    │   │   └── R
    │   └── share
    │       └── man
    └── 4.1.0 #这个是新的版本
        ├── bin
        │   ├── R
        │   └── Rscript
        ├── lib
        │   ├── pkgconfig
        │   └── R
        └── share
            └── man
    
    14 directories, 4 files
    

    接下来看看我们在命令行里默认调用的R是哪一个:

    which R
    ll /usr/local/bin/R
    
    看看调用的是哪个R

    看来默认调用的R是在/usr/local/bin/文件夹下的,它是软连接了一个4.0.3的R。

    那么很简单,只要把这个软连接删了,再重新链接一下即可。

    # 删除掉原来的软链接
    sudo rm /usr/local/bin/R
    # 新建新的软连接
    sudo ln -s /opt/R/4.1.0/bin/R /usr/local/bin/R
    
    删除掉原来的,重新链接

    这时候再执行一下R就能看到默认激活的R是4.1.0版本了

    大功告成

    更改Rstudio所使用的R语言版本

    之前指定的conda安装的R 4.1.0无法正常使用,现在更新成系统默认的R

    打开 vim /etc/rstudio/rserver.conf

    sudo vim /etc/rstudio/rserver.conf
    

    写入这句话到文件里即可:

    rsession-which-r=/usr/local/bin/R
    

    接下来重启一下Rstudio

    sudo rstudio-server restart
    

    就大功告成啦~

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