首先声明这个办法需要有root权限,如果你没有权限的话那就不用继续往下看了。如果你刚好有,那么这个流程可能是最简单的流程了。
我们组的服务器的R版本以前一直是4.0.3,但是由于软件一直在升级,导致我们实验室开发的TSSr无法在4.0及以下的R版本上安装,必须要高于4.1.0才可以,因此要升级一下默认的R的版本。我也尝试过用conda安装的R4.1.0,但是在安装包的时候一直会遇到奇怪的报错,无法解决。因此就打算更新一下系统默认的R包。
可参考的教程:
https://docs.rstudio.com/resources/install-r/#
下载R的安装包
export R_VERSION=4.1.0
curl -O https://cdn.rstudio.com/r/centos-7/pkgs/R-${R_VERSION}-1-1.x86_64.rpm
这里如果你要下载更新的版本,比如4.1.3,只要 export R_VERSION=
的地方填入你需要的版本号就可以了。
用yum安装下载好的R的安装包
sudo yum install R-${R_VERSION}-1-1.x86_64.rpm
默认是安装到 /opt/R
的下面。
tree -L 3 /opt/R
/opt/R
├── 4.0.3 #这个是之前的版本
│ ├── bin
│ │ ├── R
│ │ └── Rscript
│ ├── lib
│ │ ├── pkgconfig
│ │ └── R
│ └── share
│ └── man
└── 4.1.0 #这个是新的版本
├── bin
│ ├── R
│ └── Rscript
├── lib
│ ├── pkgconfig
│ └── R
└── share
└── man
14 directories, 4 files
接下来看看我们在命令行里默认调用的R是哪一个:
which R
ll /usr/local/bin/R
看看调用的是哪个R
看来默认调用的R是在/usr/local/bin/文件夹下的,它是软连接了一个4.0.3的R。
那么很简单,只要把这个软连接删了,再重新链接一下即可。
# 删除掉原来的软链接
sudo rm /usr/local/bin/R
# 新建新的软连接
sudo ln -s /opt/R/4.1.0/bin/R /usr/local/bin/R
删除掉原来的,重新链接
这时候再执行一下R就能看到默认激活的R是4.1.0版本了
大功告成更改Rstudio所使用的R语言版本
之前指定的conda安装的R 4.1.0无法正常使用,现在更新成系统默认的R
打开 vim /etc/rstudio/rserver.conf
sudo vim /etc/rstudio/rserver.conf
写入这句话到文件里即可:
rsession-which-r=/usr/local/bin/R
接下来重启一下Rstudio
sudo rstudio-server restart
就大功告成啦~
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