Python画韦恩图

一、韦恩图

恩图一般指维恩图。维恩图（英语：Venn diagram），或译Venn图、文氏图、温氏图、韦恩图，是在所谓的集合论（或者类的理论）数学分支中，在不太严格的意义下用以表示集合（或类）的一种草图。

在转录组分析中，常常用韦恩图来表示各组之间差异表达基因数量的关系。

二、代码实现

python画图我们首先想到的是matplotlib库，强大的画图库。
然而，matplotlib库本身并不能绘制VENN图，需要借助第三方库matplotlib_venn，当然matplotlib_venn库也是依赖matplotlib库的。
下面，我们将分别利用matplotlib_venn库的venn2和venn3函数来绘制两组数据和三组数据的Venn图。

venn2

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib_venn import venn2
venn2(
    subsets = [set([1,2,3]),set([42,3,4,5])],
    set_labels=('A','B'),
    set_colors=('r','g'))

image

1. subsets：必须的参数，即绘图所需的数据集，subsets接受三种格式的输入数据：
   1.1 一个list，包含两个set元素，set中包含两个数据集集体的数据，即上述代码使用的方法；
   1.2 一个三个key字典，key是两个字符的二进制编码方式，所以三个key必须是“10”，“01”和“11”，value分别代表对应区域的大小，{'10': 2, '01': 3, '11': 1}
   1.3 一个包含三个数字的list，三个数字分别代表图形三部分的大小，[2,3,1]
2. set_labels：设置数据的标签，即图形中两组数据的名称
3. set_colors：设置图形的颜色

venn3

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib_venn import venn3
my_dpi=100
plt.figure(figsize=(800/my_dpi, 600/my_dpi), dpi=my_dpi)#控制图尺寸的同时，使图高分辨率（高清）显示
venn3(
    subsets = [set([1,2,3,5,9]),set([1,2,4,6]),set([1,3,4,7])],
    set_labels=('A','B','C'),
    set_colors=('r','g','b')
)
plt.savefig('./test.jpg')
plt.show()

image

1. 科研作图对分辨率有要求，可通过plt.figure()进行调整，图像的大小和dpi。
2. 注意，图片的保存plt.savefig()一定要放在plt.show()之前，不然保存的就是一张空白图片。

matplotlib_venn库只能实现两组或者三组数据的韦恩图的绘制，更多数据集暂时不支持。(哭笑.jpg)

参考资料

维恩图_百度百科 (baidu.com)