R一行代码搞定火山图

前面我们讲了如何“抄”别人写的函数（R函数不会写，"抄"总会吧！）和修改别人写的函数（R函数，如何“抄”出水平）来画火山图，但是总体来说还是比较复杂的。有没有更简单的方法能够一条命令就把火山图给画了呢？还真有。今天小编就给大家安利一款R包，EnhancedVolcano，一条命令就把火山图给画了，样子看上去还不错。

首先我们要安装这个R包

  if (!requireNamespace('BiocManager', quietly = TRUE))
    install.packages('BiocManager')
​
  BiocManager::install('EnhancedVolcano')

接下来我们还是利用R函数不会写，"抄"总会吧！里面的数据来举例子，先来画差异表达基因的火山图

load("DEGAll.rda")
ls()
library(EnhancedVolcano)
EnhancedVolcano(DEGAll,
                title = 'DEGAll',   #标题
                lab = DEGAll$symbol,   #图中圆点的标签名字
                x = 'logFC',     #x轴
                y = 'FDR',       #y轴
                FCcutoff = 1,      #x轴cutoff，虚线所在的位置
                pCutoff=0.01       #y轴cutoff，虚线所在的位置
                )

接下来画差异表达miRN的火山图，也是一条命令搞定。不用像R函数，如何“抄”出水平讲到的，劳神费力的去修改别人写的函数。

EnhancedVolcano(DEGMIR,
                title = 'DEGMIR',
                lab = rownames(DEGMIR),
                x = 'logFC',
                y = 'FDR',
                FCcutoff = 1,
                pCutoff=0.01,
                xlim=c(-8,8)    #x轴范围，为了完整显示右边miRNA的名字，设置大一点
)