如何获取基因的长度（非冗余外显子(EXON)长度之和）

作者: Apache_lin | 来源:发表于2023-02-20 15:43 被阅读0次

2023-01-09 用GenomicFeatures包计算基因
基因长度计算——非冗余外显子长度之和
基因长度的计算（非冗余外显子长度之和）
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计算单个基因上exon的有效长度
突变数据下载
R-获取基因长度
第一次面试笔试题
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  gle = lapply(split(k,k$V8),function(x){
    tmp=apply(x,1,function(y){
        y[1]:y[2]
    })
    length(unique(unlist(tmp)))
  })
  gle=data.frame(gene_name=names(gle),
               length=as.numeric(gle))
  save(gle,file = "gle.Rdata")

根据提供的代码段，可以看出这是R语言中的一段代码，使用了lapply函数和apply函数对数据进行处理。代码中使用了split函数对exon数据按照gene_name进行分组，并将每个组中的数据进行处理，最终保存到gle数据框中。

K

image.png

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RNA的剪切过程
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