美文网首页miRNA
miRDB:软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库

miRDB:软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库

作者: 生信修炼手册 | 来源:发表于2018-12-28 14:24 被阅读33次

    欢迎关注”生信修炼手册”!

    miRDB通过MirTarget这个软件预测了人,小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息,并将其整理成了数据库,网址如下

    http://www.mirdb.org/

    该数据库中涵盖的物种如下

    1. huaman

    2. mouse

    3. rat

    4. dog

    5. chicken

    每个物种相关的miRNA和靶基因数量统计如下

    除了提供软件预测的靶基因结果外,该数据库还做了一个文献整理的工作,将报导了miRNA前体或者成熟miRNA功能的相关文献收集整理,汇总形成了一个miRNA功能数据库,称之为FuncMir, 该数据库包含了人和小鼠这两个物种中的miRNA信息,示意如下

    点击红色链接可以查看详细信息和相关的pubmed文献。
    官网提供了两种检索功能

    1. target search

    该功能一次只可以检索一个miRNA后者gene, 检索框如下所示

    2. target mining

    该功能用于一次检索多个miRNA或者gene,检索框如下所示

    检索结果如下所示

    结果会按照TarGetScore进行排序,由于是软件预测的结果,score值越高,可信度也越高。通常认为score大于80的结果是相对可靠的,而低于60的话可信度就很差了。

    该数据库提供了下载功能,可以方便的下载数据库中的所有信息,示意如下

    miRDB本质上是一个软件预测的miRNA靶基因数据库,如果只看这一个数据库,结果的假阳性率会比较高,最好的做法是结合多个软件预测或者数据库的结果,类似miRWalk数据库的思路,来弥补单一软件算法的不足之处。

    ·end·

    —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

    扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!

    相关文章

      网友评论

        本文标题:miRDB:软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/puwslqtx.html