1. 利用macs2 callpeak进行 calling peaks，其中有个参数--keep-dup，这是如果输入为过滤掉重复reads的bam文件，这--keep-dup all。如果为未过滤重复reads的bam文件，--keep-dup 1。此参数是指定输入爸妈文件中重复reads有无的。
macs2 callpeak 的基本命令
-t
IP.bam
-c
input.bam
-g
genome.size
-B
输出bgd文件，下游bigwig文件生成所需
-f
双端测序使用BAMPE，单端的话不需要加参数（或 -f BAM），默认是auto识别。除”BAMPE”, “BEDPE”需要特别声明外,其他格式都可以用 AUTO自动检测。
标签文件的格式，可以是“ELAND”，“BED”，“ELANDMULTI”，“ELANDEXPORT”，“ELANDMULTIPET”（用于对端标签），“SAM”，“BAM”，“BOWTIE”，“BAMPE”或“BEDPE”。默认为“AUTO”，这将允许MACS自动决定格式。当您使用“AUTO”时也会使用
结合不同格式的文件。请注意，MACS无法检测到“BAMPE”或“BEDPE”格式带有“AUTO”，你必须隐含指定“BAMPE”和“BEDPE”的格式。
格式指定'BAMPE'或'BEDPE'时将触发特殊模式。这样，MACS2将处理BAM或BED文件作为配对结束数据。而不是建立双峰分布正负链读数预测片段大小，MACS2会使用读取对的实际插入大小来构建片段积累。（所以，当你的数据是双端测序数据时，你应该用BAMPE或者BEDPE参数。当你设置成双端参数的时候，MACS2就会跳过建模计算d的那一步，而是直接用片段的insert size来建立堆积。）
BAMPE格式只是包含配对末端对齐的BAM格式信息，例如来自BWA或BOWTIE的信息。
BEDPE格式是一种简化且更灵活的BED格式只包含定义染色体名称的前三列，来自Paired-end的片段的左右位置测序。请注意，这与BEDTOOLS使用的格式不同，BEDTO的BEDTOOLS版本实际上不在标准BED中格式。
-q
设置FDR阈值
-p
设置pvalue阈值
--nomodel
这个参数和extsize、shift是配套使用的，有这个参数才可以设置extsize和shift。
--extsize
当设置了nomodel时，MACS会用--extsize这个参数从5'->3'方向扩展reads修复fragments。比如说你的转录因子结合范围200bp，就设置这个参数是200。
--shift
当设置了--nomodel，MACS用这个参数从5' 端移动剪切，然后用--extsize延伸，如果--shift是负值表示从3'端方向移动。建议ChIP-seq数据集这个值保持默认值为0，对于检测富集剪切位点如DNAsel数据集设置为EXTSIZE的一半。
--SPMR
需要-B被设置，不影响FDR和pvalue
--outdir
输出文件的路径
--broad
peak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。
--broad-cutoff
和pvalue、以及qvalue相似
其实，这里面讨论最多的是--nomodel --shift -100 --extsize 200这些参数如何选择，下面的图很形象的展示了参数的作用。当然，我也是查阅了很多资料与文献，
一般默认在ATAC-seq，DNase-seq，FAIRE-seq的时候将shift设置为extsize的一半，且参数固定为：--nomodel --shift -100 --extsize 200 （猪项目中为shift -75 --extsize 150）。
而在MNase-seq的时候，参数固定为：--nomodel --shift 37 --extsize 73。
在ChiP-seq的时候不用移峰，所以只使用-nomodel，当做组蛋白修饰的时候，由于peak并不典型，所以使用–nomodel –shift 73参数。
对人细胞系ATAC-seq 数据call peak的参数设置如下：
macs2 callpeak -t sample.final.bam -n sample --nomodel --shift -100 --extsize 200 -B --SPMR -g hs --outdir Macs2_out 2 --keep-dup all --call-summits > sample.macs2.log (单端read时，bam已经去过重复则--keep-dup all，不去的话--keep-dup设置为1)
macs2 callpeak -t sample.final.bam -n sample -f BAMPE -B --SPMR -g hs --outdir Macs2_out 2 --keep-dup all --call-summits > sample.macs2.log（双端reads）
思考：-f 设置为BAMPE时，好像与--shift -100 --extsize 200 --nomode冲突，因为加不加这三个参数，结果是一样的。看-f里面，BAMPE的解释好像也是这个意思。
所以对于双末端数据可以只设置-f BAM与--nomode --shift -100 --extsize 200 参数二选一？？？
参考1：组蛋白ChIP分析要注意的2个要点（基迪奥）：https://www.genedenovo.com/news/333.html
参考2: https://www.jianshu.com/p/e83a7e10ea2e?tdsourcetag=s_pcqq_aiomsg
参考3: https://www.jianshu.com/p/9aa719faa4b5
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