首先，对中国历史与地理研究的价值
在敦煌地区新发现的史料，给中国本来已经够丰富的史料增添了异样的光彩，弥补了许多以前想不到的空白。5万余卷敦煌文献则均为北朝至13世纪的文书，可谓名副其实的文化宝藏。
敦煌文献是当时社会文化的原始记录，其与正史不同，不受撰述者以外权利因素的干扰和左右，因而可以切实感知当时社会方方面面的真实面貌，丰富了中国7个多世纪历史的认识，填补了中国历史的许多空白。
比如，在唐代，吐蕃乘安史之乱占领了敦煌，到了大中二年(848)，张议潮驱逐吐蕃镇将，归唐后受赐号为归义军节度使。其后，张氏归义军和曹氏归义军相继统治敦煌地区，大约一直延续到1036年党项取敦煌。张、曹两家统治敦煌，前后达二百年。这一段历史牵涉到中国国内民族文化交流的关系，都是过去所不详者，只是靠着敦煌文献的帮助才弄清楚。
这些文物和文献，还可以帮助了解唐代的政治、经济、社会制度等方面的情况。莫高窟壁画中有大表现许多古代经济生活的场景。有农耕、捕渔、饲养家畜、狩猎。手工业有锻铁、酿酒、制陶、纺线、皮革匠、制鞋、画匠、塑匠、纸匠、木匠、石匠、打窟人、金银匠、弓匠。商业，有屠房、肉坊、酒肆、旅店、金银行、木行、弓行等。
敦煌藏经洞文献中还有大量反映的地方经济史的古代籍帐、契约等资料。将壁画形象与藏经洞文献结合研究，可反映出古代敦煌地区的家业、手工业、商业等地方经济的发展状况。有关土地制度的文献，使人们知道了均田制度实行的细节；一些户籍、差科簿、契约、社司转帖，可以帮助了解徭役、兵役等制度；许多关于唐律的文书，可以与现存的唐律互证；水部式记载了水利管理条例；许多文书还反映了唐代的烽堠制度、借贷制度、氏族制度、官制及老百姓储粮的情况；还有许多社会史的史料，使人们能够了解唐代的物价，劳动力的价值，僧尼的生活，人民的服饰、食品、游乐情况，以及喜庆宴会、婚丧嫁娶等一些风俗习惯。
从西汉到元代千余年的历史时期内，敦煌地区的民俗资料保存相当丰富，全国其他任何地区都不足与之争胜。敦煌的民俗资料，既有地上又有地下；既有精神的，又有物质的；既有文字的，又有图像的，还有实物遗存。
他们分别保存在敦煌石窟、敦煌遗书、敦煌简牍、其他地表和地下遗址以及传统史志文献之中。这些资料涉及敦煌的衣食住行、生老病死、婚丧嫁娶、时尚禁忌、社交人伦、乐舞百戏、民间文学，总而言之反映着物质生产和精神生活的诸多面。藏经洞保存有珍贵的历史、地理资料。如正史的《史记》、《汉书》、《三国志》和《晋书》残本等等，具有校勘价值。
更重要的是为研究敦煌历史提供了重要资料。敦煌文献中有关敦煌历史的资料在上百种以上，敦煌壁画也有成千上万个供养人画像，其中有一千多条供养人榜书题记，就是在供养人像旁书写此人的籍贯、姓名、职衔。多年来学者们根据上述资料，基本上搞清楚了晚唐、五代、宋归义军节度使时期的敦煌历史。
中国地理学的研究有极其悠久的历史。唐代是地理知识日趋丰富、地理著作日益增多的时代，这种情况也反映在敦煌藏经洞文献上。石室中藏有不少的地理佚书，比如《沙州图经》《西州图经》《贞元十道录》《诸道山河地名要略》《沙州伊州地志》《敦煌录》《西天路竟》《沙州地志》《释家地志》《寿昌县地境》《沙州城土境》。其中，《贞元十道录》、《诸道山河地名要略》等属全国性的地志，《沙州都督府图经》、《敦煌录》《西州图经》等属地方性地志。《沙州都督府图经》记录了城市里的河流、水渠、泉水、堤堰、道路、驿站、学校、寺庙、衙门、名胜古迹等等。连著名的玄奘的《大唐西域记》，在石室中也藏有抄本。所有这些地理书，对研究中国中古史地有重要价值。
其次，对宗教学研究的价值
从敦煌石窟的不断开凿以及石窟壁画和藏经洞文献可以看到，在相当长的历史时期内，佛教在古代敦煌宗教文化中始终占据着主要地位。在唐代敦煌地区佛教非常流行，僧尼在人口中占有不小的比例，寺庙也很多。在藏洞文献中，佛典占百分之九十左右。多数是手写本，少数为刻本，有的还有题记。有的佛经已经失传，有的译本与现存的不同。
佛经中最多的是《妙法莲花经》《大般若波罗蜜多经》《金刚经》《金光明经》《维摩诘经》等，这些都是僧尼日常念诵的。这些古老的刻本和写本，对于研究佛经的版本，有一定的用处。而且，藏经洞完好保存了一些唐代都城的官府写经，经过京城各寺高僧大德的反复校对，格式严谨，没有任何错别字，是可以信赖的善本，具有极为难得的补缺和校勘的价值；
中古时期的一些古佚经典，曾经在佛教史上起过作用，但因为早已失传，所以后人对他们的内容不甚了然，造成佛教史上的一些空白。敦煌文献的发现后，学者们马上意识到古佚经典的重要价值，如三阶教文献又例如日本至今还保存的《净土五会念佛略法事仪赞》经典，与藏经洞出土的反映“净土五会念佛”法门的《净土五会念佛略法事仪赞》也完全相相同。唐代日本来华求学僧人圆照在《入唐新求圣教目录》中录有《净土五会念佛略法事仪赞》。至今日本还保存有《净土五会念佛略法事仪赞》。
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