众所周知体能活动能提高胰岛素敏感性。运动中和刚结束运动时，肌肉组织对葡萄糖的吸收会透过细胞膜上葡萄糖运输的增加而提升，在此作用的同样是位于细胞膜内，因应胰岛素与胰岛素受体结合而增加的GLUT运输者，但运动会不受胰岛素支配，单独刺激GLUT4运输者的增加。尽管这样葡萄糖运输者的增加在结束运动后仅能持续2小时，肌肉细胞的胰岛素敏感性仍然会在运动后增加。当有规律运动时，肌肉组织会发生许多适应作用，包括持续增加胰岛素敏感性。GLUT4输送者的增加，还有增加血管的形成。
体能活动对先天性及适应性免疫系统两者的影响非常复杂，大部分都取决于运动模式是急性（代表不属于规律训练惯例的剧烈运动）或长期的（也就是有规律的），急性运动模式并不只是某个身材走样的人跳进一堂有氧跆拳道课程这么简单的，任何人只要训练强度明显大于他一向习惯的强度，或锻炼时间明显比他过去习惯的要长，那么基本上这些人就是在进行急性运动，这也同时取决于锻炼或者运动或强度，某些人每次训练是，都是在做急性运动。
不论是耐力或阻力训练，急性运动都会刺激发炎反应。中性球和自然杀手细胞两者都会被动员，同时运动后，这两者在血液中的数量会戏剧性的增加，增加的幅度与运动强度及持续时间相关。急性运动也会刺激吞噬作用（巨噬细胞和单核球吞吃物质），并增加活性氧物种的制造，然而规律的运动似乎并不会明显的增加血液中中性球的数量，同时也可能使血液中单核球数量及其在发炎性刺激中的反应活性下降。事实上，少数文献指出，持续训练可能会为那些患有发炎性疾病的患者带来益处，相对的，其他研究显示，即使是规律性的训练都会使自杀细胞增加，而这个影响可能会随着密集训练恶化。
急性运动对适应性免疫系统造成的影响被了解的只有一部分。在急性运动过程中还有刚结束时，血液中辅助型T细胞和细胞毒性T细胞的数量会增加，不过很快就会恢复正常。此外还存在着Th1相对于Th2分化的效应，明确的说，急性运动会使Th1细胞的相对数量减少，并增加Th2分化的数量。不意外的，这是因为Th2细胞是B细胞活性的重要调节物，血液中的B细胞会在同时出现增加的情形。在回复期间，T细胞和B细胞的数量会降的比运动前还低，显示在运动后相对快速恢复到正常水准之前，适应性免疫系统是受到抑制的。针对精英运动员的研究显示，一般来说运动后24小时所测量的T细胞及B细胞数量与非运动员相同，代表常规训练可能不会引起适应性免疫系统的长期变化。然而密集训练周期之间若没有足够的恢复时间，就会造成免疫抑制的结果。
评估运动对自体免疫疾病或其它慢性发炎性疾病患者造成影响的研究相对稀少，当然很多问题依然无解。在部分但非全部的研究中，急性运动会使罹患发炎性疾病者身上的发炎反应更剧烈（引起运动后程度更高或持续更长时间的发炎反应）。规律运动对患有自体免疫疾病患者潜在益处就更难以明确列举出来，一些研究发现发炎反应标志物会增加，另一些研究显示会减少，还有一些则显示没有影响？这些充满变数的结果可能反应了运动的强度，并可能代表患有发炎性疾病的人对过度密集训练带来的负面后果更为敏感，一项最近的研究提供了支持这个观点的证据，在这个研究中，患有结节病的患者在急性运动后出现促肾上腺皮质素释放素增加释放的反应。
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