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《肿瘤信息学》资源贴:在公共数据基础上利用计算手段研究癌症

《肿瘤信息学》资源贴:在公共数据基础上利用计算手段研究癌症

作者: 周运来就是我 | 来源:发表于2020-06-30 20:33 被阅读0次

    挖掘癌症组学数据可以解答的问题

    • 癌症微环境的特征描述
    • 癌症发展过程中识别关键转折事件和可能原因
    • 了解氧化还原状态对癌症发展的影响
    • 反复氧结合对选择更具有弹性的癌细胞的影响
    • 癌症转移的触发事件
    • 使用分子属性特征描述不同临床表型的癌症

    癌症数据库1

    转录组学数据库

    NCBI GEO
    Arrayexpress
    SMD
    CIBEX
    Oncomine
    ChipDB
    ASTD

    MicroRNA 及其靶点数据库

    miRecords
    miRBase
    TargetScan

    人类表观基因组数据库

    NIHroadmp epigenomics
    Human epigenome
    Methy Cancer

    癌症数据库2

    分子通路和互作数据库

    KEGG
    BIOCARTA
    PID
    Pathguide
    ReACT O M E
    MSidDB

    人类癌症的基因组和基因数据库

    TCGA
    ICGC
    COSMIC
    Cancer gene census
    SNP500 cancer database
    Breast cancer information
    GAC
    HGMD
    dbSNP
    MeRefsSNP

    癌症数据库3

    蛋白质学数据库

    PRIDE
    PeptideAtlas
    Plasma Proteome Project database
    GeMDBJ

    代谢组学数据库

    HMDB
    KEGG COMPOUND
    PubChemUMDB
    BRENDA
    SABIO-RK
    RECRDB

    特殊癌症相关数据库

    TANTIGEN
    Canvermortality database
    CGEM

    网络工具

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