因为我自己研究的领域跨单细胞、QTL、以及孟德尔随机化,所以就一直在思考这个问题:单细胞能不能和孟德尔随机化联合起来研究?
这方面的文章或者研究比较少。两个组学能够联合我能想到的最大的可能性是基因或者细胞,单细胞具备了这两个维度,但是孟德尔随机化本身只是个方法、工具,能拿来的最大可能是QTL,这个技术本身是研究基因、蛋白或者甲基化等内容的,所以最大的可能性是基因,通过基因来跨两个领域。
比如说eQTL或者pQTL研究完后,通过看看基因在疾病表达情况、确定其表达的主要细胞,这也是个简单的应用。sc-eQTLGen已经做过这个事情了,数据库就在https://eqtlgen.org/sc/datasets/1m-scbloodnl-dataset.html。数据也是公开的,都可以下载,数据量也很大。
在该研究中,研究者对荷兰北部人群队列的120个人进行了单细胞RNA测序。每个外周血单个核细胞(PBMC)在未刺激的条件下进行测序,在体外用白色假单胞菌(CA)、结核分枝杆菌(MTB)和铜绿假单胞菌(PA)刺激3小时和24小时后,共约130万个细胞。
可以看到数据量是很大的,130万个细胞,想分析估计得上好点的服务器。发的几篇文章也可以学习一下,基本上如果你能做到联合分析,得到有意思的结论,可以说文章是很好发表的。
其他结合的可能性只有读文献甚至要对两个领域很熟悉继续摸索了,比如说细胞比例-QTL-疾病。
随口说一句,有时候并不是纯生信杂志不收,实在是那些lan套路文章编辑看了恶心,大家还是要摆脱桎梏。
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