论文地址:http://eprints.lincoln.ac.uk/31056/1/Deep_CS_MRI_Paper.pdf
最近在学习GAN与压缩感知(Compressed Sensing,CS)相结合的论文,将这篇《DAGAN: Deep De-Aliasing Generative Adversarial Networks for Fast Compressed Sensing MRI Reconstruction》的理解记录下来。
摘要:相比于传统的基于多线圈的快速磁共振成像技术,基于压缩感知的MRI技术打破了信号处理领域的金科玉律——奈奎斯特采样定律,使用更少的原始数据重建MRI图像,从而加快了整个成像过程。该论文提出一种基于深度学习的CS-MRI重建策略,提出新的网络模型(DAGAN)来减少重建过程带来的混叠伪影(aliasing artefacts),又结合Perceptual Loss来生成与目标图像更接近的纹理和细节,提出频域损失来增强相似性。重建速度大约为5ms/张。
由于压缩感知技术需要满足两个前提:稀疏性与不相关性,所以目前CS-MRI的研究需要满足以下三点:
尽可能随机欠采样,达到抑制噪声又不会降低重建的图像质量,目前大多数采用遵循1D高斯分布的采样模式,为了去除含有更多噪声的高频信息,而保留更多的低频信息。
MRI图像一定要是可压缩的,也就是具有稀疏性,在这里引用这篇文章形象易懂讲解算法II——压缩感知的说明:“关于稀疏性可以这样简单直观地理解:若信号在某个域中只有少量非零值,那么它在该域稀疏,该域也被称为信号的稀疏域。”
该算法一定要高效、稳定、精准的重建。(感觉这句很没用?)
目前CS-MRI的主要挑战:
要满足不相关性准则,也就是随机欠采样;
现在应用广泛的稀疏变换过于简单,无法捕获复杂图像的轻微细节变化;
现有算法重建时间过长;
可能产生过渡平滑或不自然的重建图像;
本文亮点:
G网络使用U-NET+Skip connection;
优化学习过程以提高GAN的稳定性。达到快速收敛;
MSE与Perceptual Loss相结合,获得更好的重建细节;
将频域信息添加到Loss函数,以保持数据一致性;
与其他的CS-MRI算法相比,该算法可以应用在更高的加速倍数、用更快的时间得到更好的结果;
算法:
通常CS-MRI重建过程可以理解为:
Classic Model-Based CS-MRI表示待重建的图像,表示欠采样的傅里叶编码矩阵,为正则化作用。
基于深度学习的CS-MRI重建过程将CNN与CS相结合,公式如下:
Deep Learning-Based CS-MRI其中是通过参数的CNN正向传播,是另一个正则化参数,CNN网络被训练用以优化重建效果,表示训练后的CNN优化参数。表明对y在k空间随机填0欠采样重建后的图像,表示Hermitian转置。MRI数据通常以复数形式编码了幅值和相位信息,在Deep Learning中,通常有两种表示方式,一种是将虚部置零,只保留实部信息;另一种是将实部和虚部当作两个通道共同作为输入。该论文提到为了减少计算量,使用第一种,但一定会丢失相关信息。
损失函数:
,其中和分别表示时域和频域的MSE;而则是基于VGG的Perceptual Loss;则为
网络结构:
G网络是带有8层卷积以及8层反卷积的U-NET,值得一提的是在G网络中添加了输入作为Refinement Connection,目的是让G网络更方便地学习残差映射而不是整个图片的映射;D网络则是一个具有11层卷积的标准CNN,并没有使用PatchGAN的思想,而是直接输出Real or Fake。具体结构见下图:
Schema for our proposed conditional GAN-based de-aliasing for fast CS-MRI (DAGAN)结果:
该论文共在NMSE以及PSNR两个指标进行比较,其中10%到50%表示在K空间重建的采样率,10%表示随机选取K空间10%的信号进行采样,PFPGR表示Pixel-FrequencyPerceptual-GAN-Refinement。可以看到,相比于传统的CS-MRI重建算法,该方法在重建速度上获得了大幅度提升,而且重建效果也有一定提高。
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