0--linux下安装conda

软件管理Miniconda----相当于App store

• 下载

1. 浏览器搜索“miniconda”网站，复制python3.7对应的版本下载链接；
   [https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh]

image.png

2. Linux下，输入 wget 和链接，回车下载：

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3. 下载完成后安装：

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

按提示操作，有需要的地方输入yes；

4. 激活conda：

source ~/.bashrc

5. 测试是否安装成功：输入conda会出现参数等信息，说明成功；

• 添加国内镜像
  加速conda下载速度，使用国内镜像源：

1. 中国科大开源镜像站（mirrors.ustc.edu.cn），复制粘贴输入以下代码

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

2. 清华镜像站（mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn），复制粘贴输入以下代码

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

• 使用conda

1. 查看当前所有软件列表，命令： conda list
2. 搜索软件命令： conda search 软件名
   例fastqc ： conda search fastqc
3. 安装软件，命令： conda install fastqc -y
   参数 -y 是自动安装
   可安装指定版本，默认安装最新版本
4. 卸载软件，命令： conda remove fastqc -y

• conda环境

1. 查看当前conda有哪些环境，命令：conda info --envs
   前面带*的就是默认的

   
   image.png

2. 新建立conda环境，然后指定python版本是3：
   conda create -n ChIP-seq python=3
   如果想要将conda更新至新版本：

conda update -n base -c defaults conda

environment location: /data/xuyongxin/miniconda3/envs/ChIP-seq

3. 激活新的conda环境：
   source activate ChIP-seq
   这时默认的*就会转移到ChIP-seq前面，用户名root前面出现了(ChIP-seq)；
4. 安装软件fastqc、trimmomatic，可以和建立环境一起进行：
   conda create -n ChIP-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
5. 卸载某环境中的软件
   conda remove -n ChIP-seq fastqc -y
6. 卸载环境（全部卸载）
   conda remove -n ChIP-seq --all
7. 退出当前环境
   source deactivate