磁共振的原理是探测人体内氢质子的多少和氢质子所处化学环境不同而成像，这种探测并不需要用到放射线，而是利用电磁波，电磁波的波长越长越安全，而磁共振的电磁波波长比常用的手机产生的波长还长很多。
可以说磁共振检查和X线辐射都没有关系，是不存在电离辐射的。而大多数人对磁共振有辐射的误会主要来自于“核磁共振”这一传统命名，目前为避免大家谈“核”色变的担忧，而把核字取消，直接叫“磁共振”，国际卫生组织也宣布，孕妇（怀孕早期即3个月内的除外）、胎儿和婴幼儿均可以做磁共振检查。
其实磁共振检查中多数人并没有明显的不适，甚至没有感觉，但也有部分患者会感觉头晕、发热、不适，甚至烦躁等。检查中的不适主要来自于几个方面：
● 磁共振的检查时间较长，检查空间比较狭窄，可使检查者感觉恐慌。
● 检查过程中磁共振仪器会发出刺耳的噪音（主要是梯度场的快速切换而产生的），使检查者心理上感到不适，甚至可能产生害怕情绪。
● 磁共振还具有一定的热效应，可产生部分热能，亦可使人体产生不适应感。
● 由于神经系统的传导是一种电活动，磁场有可能干扰神经递质的释放，从而会对神经系统神经电荷载体或传导过程产生影响；另一方面基于磁流体动力学机制，强磁场可能会引起脑血流量的改变，从而引起中枢神经系统的效应，会产生头晕，头痛，恶心等症状。
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