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从fastq文件中特定数目的reads &查看MD5 值

从fastq文件中特定数目的reads &查看MD5 值

作者: 余绕 | 来源:发表于2021-10-24 21:52 被阅读0次

    比如想提取20M reads (大约6G):

    命令如下:
    /public/home/qtxu/miniconda2/bin/seqtk  sample -s 100 H704-1_RRAS25352-V_1.clean.fq  20000000  > H704_1_v1.fq
    /public/home/qtxu/miniconda2/bin/seqtk  sample -s 100 H704-1_RRAS25352-V_2.clean.fq 20000000  >  H704_1_v2.fq
    
    
    Subsample 20M read pairs from two large paired FASTQ files (remember to use the same random seed to keep pairing):

    查看MD5数值

    > md5sum checkSize.xls 
    1e00e20acfb30a27d4bd64c6a2a25d67  checkSize.xls
    
    

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