美文网首页
HGVS学习汇总

HGVS学习汇总

作者: 艺语呢喃er | 来源:发表于2018-10-07 23:16 被阅读0次

    一、碱基变化命名规则

    c.76A>C:第76位碱基A突变为C

    c.-14G>C:翻译起始位点5’端第14bp,即从ATG密码子向5’端数第14位碱基G突变为C

    c.88+1G>T:第88位下游第1位碱基G突变为T(在下一个内含子区域,该点介于编码区第88bp到第89bp之间)

    c.89-2A>C:第89位上游第2位碱基A突变为C(在上一个内含子区域,该点介于编码区第88bp到第89bp之间)

    c.*46T>A:翻译终止位点3’端第46bp,即从终止密码子向3’端数第46位碱基T突变为A

    剪接位点非标准命名:c.IVS1+1G→A等IVS类型的命名为非标准命名,注:IVS代表间于两个外显子之间的内含子序列

    二、氨基酸变化命名规则

    Silent changes(同义突变)

    标准命名:p.(Leu54=)

    含义:第54位Leu未发生改变

    非标准命名:p.(Leu54Leu), p.(L54L)

    2、missense variant(错义突变)

    标准命名:p.Trp26Cys

    含义:第26位色氨酸(Tryptophan,Trp,W)变成半胱氨酸(Cysteine,Cys,C)

    3、nonsense variant(无义突变)

    标准命名:p.Trp26Ter或者p.Trp26*

    含义:第26位色氨酸(Tryptophan,Trp,W)变成无,即翻译从第26位提前终止

    4、Duplications(重复)

    标准命名:p.Gly4_Gln6dup

    含义:第4位甘氨酸(Glycine,Gly,G)到第6位谷氨酰胺(Glutamine,Gln,Q)发生重复,氨基酸序列从MKMGHQQQCC变成MKMGHQGHQQQCC

    5、Indels(Deletion/insertions,插入,缺失)

    5.1、in-frame Insertions

    标准命名:p.Lys2_Met3insGlnSerLys

    含义:第2位赖氨酸(Lysine,Lys, K)和第3位甲硫氨酸(Methionine,Met,M)之间插入了3个氨基酸,分别是Gln、Ser和Lys

    5.2、in-frame deletions

    标准命名:p.Gln8del

    含义:第8位谷氨酰胺(Glutamine,Gln,Q)缺失,氨基酸序列从MKMGHQQQCC变成MKMGHQQCC

    5.3、frame shifts

    标准命名:p.Arg97Glyfs*26或者p.Arg97GlyfsTer26

    缩写:p.Arg97fs

    含义:Arg97Gly:第1个受影响的氨基酸是Arg,突变后变成了Gly;

          fs: frame shifts的简称

          *26:新的阅读框内翻译终止密码子的位置,将Arg作为第1个往后数,数到第26位是终止密码子

    相关文章

      网友评论

          本文标题:HGVS学习汇总

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/qngraftx.html