2022-09-19 技能——gtf转为bed12

今天在使用RseQC时需要将参考基因组GTF文件转换为bed12文件，下面是记录下来的方法：

用到的工具

UCSC的gtfToGenePred和genePredToBed工具，下载安装：

wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/gtfToGenePredwget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/genePredToBedchmod u+x gtfToGenePred genePredToBed

方法

gtfToGenePred genes.gtf genes.genePredgenePredToBed genes.genePred genes.bed

结束，撒花~

作者：Bio_Infor

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来源：简书

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