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解压fastqc软件包后,运行fastqc报错:没有这个命令?

解压fastqc软件包后,运行fastqc报错:没有这个命令?

作者: 邱俊辉 | 来源:发表于2018-11-06 22:33 被阅读80次

    最近在做CHIP-seq,从NCBI上获取了原始数据后,想用fastqc检查一下二代测序数据有没有问题
    于是我从官网上面下载了fastqc人软件包,并解压到了Biosofts文件夹里面
    然后运行

    fastqc -h 
    

    发现报错,没有这个命令
    我以为是我没有配置这个环境变量,但我配置好了后,还是报错
    上网查的原因是解压后的FastQC文件夹里面虽然有fastqc文件,但是用ls -lh 代码发现这个文件是没有执行权限的 解决办法如下
    在fastqc文件所在的目录下运行下列代码

    sudo chmod 777 fastqc
    

    再次运行就可以运行了
    另外提醒一下
    Ubuntu自带Fastqc,所以可以用 apt install fastqc 来安装fastqc
    但是
    用apt install安装的fastqc在Linux上运行是有BUG的!!!
    重要的事说三遍
    用apt install安装的fastqc在Linux上运行是有BUG的!!!
    用apt install安装的fastqc在Linux上运行是有BUG的!!!
    用apt install安装的fastqc在Linux上运行是有BUG的!!!
    很容易出现下面的情况

    Approx 95% complete for output.fastq
    Analysis complete for output.fastq
    Failed to process file output.fastq
    java.lang.IllegalArgumentException: No key called gc_sequence:ignore in the config data
        at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.ModuleConfig.getParam(ModuleConfig.java:148)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.PerSequenceGCContent.ignoreInReport(PerSequenceGCContent.java:57)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.startDocument(HTMLReportArchive.java:331)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.<init>(HTMLReportArchive.java:84)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.OfflineRunner.analysisComplete(OfflineRunner.java:155)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:110)
        at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)
    

    所以最好是到官网上面下载软件包解压在修改文件权限!

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