【R>>lapply】lapply还可以这么玩

加载R包有很多种方式，比较常用的有：

• library()
• require()
• pacman::p_load()
  在看生信技能树的公众号，《什么？1.3万基因都是你的靶基因？》这篇推文时，发现作者用lapply+library('R包名称'，character.only = T)来调用R包。挺独特的操作，记录下来：
  
  正经代码：

rm(list = ls())
lapply(c('clusterProfiler','enrichplot','patchwork','tidyverse'), function(x){
  library(x,character.only=T)
})

富集分析后感觉好像不知道往下怎么做了？其实也好办，将每个基因在不同通路中富集的次数计算一下，找到出现次数最多的前几个基因。

data(geneList,package = "DOSE")
genelist <- geneList[abs(geneList)>1]
kegg <- gseKEGG(gene = genelist,
                   organism = "hsa",
                   nPerm=10000,
                   minGSSize = 10,
                   maxGSSize = 200,
                   pvalueCutoff = 0.05,
                   pAdjustMethod = "none")
kegg1 <- as.data.frame(kegg)
x <- kegg1$core_enrichment
x1 <- as.data.frame(sort(table(unlist(strsplit(x,"/",fixed = T))),decreasing = T))

最后将ENTREZID转为SYMBOL。

bitr(x1$Var1[1:5],fromType = "ENTREZID",toType = "SYMBOL",OrgDb = "org.Hs.eg.db")

备注：平时这样操作，可以多熟悉lapply的功能，还是很有裨益的。
参考链接：
什么？1.3万基因都是你的靶基因？(原文参考生信技能树公众号）