华大BGI数据下载

参考

BGI-online网站
使用BGI Online CLI下载华大基因释放的数据

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目前BGI数据主要提供三种下载方式
提供网页下载(单或多个文件)、客户端下载（Windows），以及CLI批量下载（Linux）等多种方式。

1.网页版下载

step1: 登录BGI-online网站

step2:选择项目当个文件进行下载：

image.png

tips: 当选中文件夹，不提供下载功能

image.png

2.客户端下载

推荐使用Windows64位系统下载数据

Step1、下载GUI软件压缩包并解压，链接：https://pan.genomics.cn/ucdisk/s/AZjime

image.png

备注：Windows32位系统：参考上述链接下的帮助文档
OS X和Linux系统：将当前路径移到解压文件夹，在命令行执行“sh bgionline.sh”登录界面

Step2:解压后双击GUI-win\GUI-win-3.0目录下Windows批处理文件bgionline_gui.bat，也就是如下红框内的软件

image.png

Step3:在如下登录页面，先点击红框内的设置符号

image.png

Step4:在访问节点选择框中删除后面的：1001，删除：1001后点击确认

image.png

Step5：在登录页面输入用户名、密码，登录后即可下载所有数据，请务必在14天内下载所有数据

image.png

Step6:下载全部数据

image.png

3.CLI命令行批量下载

• 系统要求

Linux, OS X, Unix, or Windows
Python 2.7
pip

Step1：创建python2.7 conda 环境,安装bgionline

# 基于 python2.7 创建一个名为test_py2 的环境
conda create --name BGI_Download python=2.7
conda activate BGI_Download

安装软件
$ pip install bgionline
更新软件
$ pip install --upgrade bgionline 

Step2： 查看工具帮助文件

 $ bo -h

usage: bo [-h] [--version] command ...

BGI Online Command line client, version 2.2.6

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --version             show program's version number and exit
  --config CONFIG       Configuration Files folder

available commands:
  {login,logout,new,select,pwd,whoami,sh,tree,ls,cd,mkdir,rm,mv,upload,download,find,transfer}
    login               Log in (interactively or with an existing API token)
    logout              Log out and remove credentials
    new                 Create a new user/project/analysis from scratch
    select              List and select a project to switch to
    pwd                 Print current working directory
    sh                  bo shell interpreter
    tree                List folders and objects in a tree
    ls                  List folders and/or objects in a folder
    cd                  Change the current working directory
    mkdir               Create a new folder
    rm                  Remove data objects and folders
    mv                  Move or rename objects and/or folders inside a project
    upload              Upload file(s) or directory
    download            Download file(s) or directory
    find                Find data/job/app/project
    transfer            transfer project to user

Step3: 登录账号

(BGI_Download) [13:27:27] kcao@h1-lgl:~$ bo login
Logging into https://app.bgionline.cn:1001
Username: 20190227F18FTSCCWLI4389
Password: WHFUNrdmE_20190227
    输入邮件中的用户名和密码，即可生成相应的配置文件夹~/.bgionline/。
ou are now logged in. Your configurations are stored in /share/disk02_8T/home/chenlianfu/.bgionline/setting. 

Use bo select to choose your working project...

Available projects:

+-------+--------------------------------------+-------------------------+
| index | project id                           | project name            |
+-------+--------------------------------------+-------------------------+
|   0   | 3d7d64df-b0a6-439a-a443-fb73058f9925 | 20190227F18FTSCCWLJ4389 |
+-------+--------------------------------------+-------------------------+
Pick a numbered choice :0
    选择一个目标项目。
Setting current project to: 20190227F18FTSCCWLJ4389 



(BGI_Download) [13:27:27] kcao@h1-lgl:~$ bo ls
F18FTSCCWLJ4389_FUNrdmD/
    可以列出选定项目中的文件信息


(BGI_Download) [13:27:27] kcao@h1-lgl:~$ bo tree
/
└──F18FTSCCWLJ4389_FUNrdmD
   └──Upload_Delivery_F18FTSCCWLJ4389_FUNrdmD_PureSequence
        ├──BGI_result
        │    └──Separate

4 directories 
    以树形式列出选定项目中所有的文件夹层次信息



(BGI_Download) [13:27:27] kcao@h1-lgl:~$ bo dowload / ./
    将项目中的所有文件夹下载到当前工作目录下。