DamID-seq分析笔记（二）

第一步：https://www.jianshu.com/p/e0bfa7b75ccb

Q： 进行去接头及质控之后，接下来把reads mapping回基因组，这里我用的是Bowtie2，为什么选择用bowtie2？

bowtie出现的早，对于测序长度在50bp以下的序列效果不错，而bowtie2主要针对的是长度在50bp以上的测序的,我的测序是PE150，所以我选择用bowtie2分析数据

代码：

bowtie2 -q --phred33 --very-sensitive  --score-min L,0,-0.4 -x /Database/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel  
-1 /asnas/sunyl_group/liull/seq_data/annuo-191126/aly-CTCF/cutadp/CTCF_1.trim.fq
-2 /asnas/sunyl_group/liull/seq_data/annuo-191126/aly-CTCF/cutadp/CTCF_2.trim.fq   
-S  ./CTCF2.sam 

samtools view -q 10 -h ./CTCF2.sam > ./CTCF2_q10.bam  

这两步：
1 bowtie2是为了mapping到基因组上，我选择的是hg38，然后输出sam

2 第二就是选择mapping质量高的， 并且把sam转成bam

接下来：

samtools sort -n -o Dam_nq10.bam Dam_q10.bam 

我按照名字进行筛选，我们可以直观的看到reads信息，我们就可以根据排序后的bam文件去看pair-end reads的情况，并且，我们对这个bam进行统计。
（我老师说，这一步没啥作用，因为本身bowtie2输出的时候，就已经是根据name输出的。我保险点，还是写了，因为接下来需要用到一对reads进行分析）

PS：
此外，可以利用管道符传参，可以节省内存！！

看一下mapping的效率：

mapping效率

mapping完了之后，可以reads的GATC位点了！！