单细胞绘图之堆积柱状图

前言

往往在每一篇单细胞文章的Figure 1中，我们都可以看到一个描绘细胞在cluster或者在样本的含量图。因此，本文就是为了介绍如何绘制这个子图。

正文

参考了单细胞seurat学习笔记计算各个cluster的细胞数绘制堆叠条形图

## 计算各个cluster的细胞数
# 定义对应每个cluster对应的细胞类型，可将ident改为相应的细胞类型，计算每个细胞类型的细胞数
table(Idents(pbmc))

# 计算每个样本的细胞数
# $slot可根据研究具体分组对每个样本自行定义
table(pbmc$sample)
table(object$slot)
table(Idents(object),object$slot)

# 计算细胞比例
prop.table(table(Idents(pbmc)))
prop.table(table(Idents(object),object$slot))

## 绘制堆叠条形图
library("ggplot2")
cell.prop<-as.data.frame(prop.table(table(Idents(pbmc), pbmc$patient)))
colname(cell.prop)<-c(''cluster","patient","proportion")

ggplot(cell.prop,aes(patient,proportion,fill=cluster))+
geom_bar(stat="identity",position="fill")+
ggtitle("")+
theme_bw()+
theme(axis.ticks.length=unit(0.5,'cm'))+
guides(fill=guide_legend(title=NULL))

barplot_sample.png