Aging Atlas（https://bigd.big.ac.cn/aging/index.），是一个经过整理的生物医学数据库，其中包含一系列与衰老有关的多组学数据集（即转录组、单细胞转录组、表观基因组学、蛋白质组学、药物基因组学），以及用于查询和可视化这些数据集的生物信息学工具。
该数据库旨在收集跨越模型生物和其他物种的整个衰老和长寿生物学整个领域的多组学数据。
该数据库还整理了，与细胞衰老，年龄有关的疾病，寿命延长策略（例如运动和热量限制（CR））和抗衰老药物开发有关的数据。
数据集根据组学数据的性质，而不是实验的类型，进行分类。当前，Aging Atlas中的数据是从文献中手动整理并从已发布的数据集中检索的。
特点
- （i）是第一个管理衰老研究领域中单细胞转录组数据的数据库。
- （ii）快速搜索功能，可以轻松地跨数据集和技术获取有关其关注因素的与衰老相关的数据。
- （iii）可探索与衰老有关的基因表达变化，并帮助识别衰老过程中的关键调控网络。
- （iv）鼓励用户通过“upload”功能共享数据。
- （v）数据库不断更新，将整合更多数据和其他数据分析工具，这些数据免费公开。
数据库内容
Aging Atlas当前整合了五个模块信息，手动整理了一组与衰老相关的人和小鼠基因，以下称为Genes Archived in Aging Atlas（GAAA）。GAAA部分现在包含了数百个与人和小鼠衰老相关的基因，被分为10个基因集和相应的KEGG通路。
1、 转录组学（RNA-Seq）模块
RNA-seq模块，编目了与衰老相关的全基因组转录组变化。
该模块收集在特定基因干预下（过表达，敲除等）观察到的转录组变化。该模块还收集特定组织和器官在生理和病理衰老过程中基因表达谱的变化。
RNA-seq模块目前包含18000个可能与衰老有关的差异表达基因（DEGs）。在RNA-seq模块中，可以通过基因名称轻松搜索DEGs，每个DEGs条目都包含了：潜在的实验条件、基因表达的变化及其发表来源。RNA-seq模块，还包括来自其他数据库的参考信息，包括来自RefSeq和GenAge的基本基因描述，以及来自AmiGO的gene ontology。
2、单细胞转录组（scRNA-Seq）模块
scRNA-seq模块，系统地收集了组织和细胞类型特异性基因表达随年龄的异质性变化。
该模块提供了，不同细胞类型或亚型的高分辨率，全面的参考图，以及它们的时空分布信息，以及在不同的衰老相关或疾病条件下每种细胞类型或亚型的基因表达模式。
该模块目前包括来自大鼠、猴子和人类的14种衰老组织的单细胞RNA测序数据集。这些数据包括从多个哺乳动物组织中提取得单细胞转录组细胞类型注释和细胞类型特异性的DEGs。还包含非人类灵长类动物的卵巢、胰岛、主动脉、视网膜和心肺衰老的单细胞转录数据，以及老年COVID-19患者的人循环免疫细胞的单细胞转录组情况。
在此模块中，用户可以轻松访问有关特异细胞类型的信息，并通过交互式界面进行可视化和下载，包括：细胞的数量，已知的和新的标记基因，以及衰老过程或衰老干预过程中的DEGs得信息。
3、表观基因组学（ChIP-Seq）模块
ChIP-seq模块，目前包含了大量的ChIP-seq数据，反映了特定的衰老相关基因位点如何受组蛋白修饰和转录因子调控，有助于阐明调控因子如何在全基因组范围内影响衰老过程中的基因表达。
作者还用相同方法重新分析了该模块中的ChIP-seq数据，结果可以在WashU Epigenome Browser中可视化。将来，该模块将扩展为包含更多的表观遗传数据，包括DNA甲基化，ATAC-seq，DamID-seq，R-loop图谱和Hi-C等。
4、蛋白质组学（蛋白质-蛋白质相互作用）模块
蛋白质稳态的受损是典型的衰老过程，蛋白质相互作用会随着年龄的增长而发生重大变化。在这里，蛋白质-蛋白质相互作用模块（称为PPI），旨在查询感兴趣的蛋白质及其与衰老相关的相互作用伙伴。
PPI的主要功能是通过UniProt条目名称或登录号搜索目标蛋白的相互作用伙伴。结果以两种方式呈现：交互式表和网络图。前者提供了更详细的信息，包括相互作用蛋白的数量，细胞/组织类型以及支持相互作用的出处；后者允许蛋白质相互作用网络的可视化，并提供使用在线工具对选定数据进行GO或者KEGG分析。
为了整合更多与衰老相关的PPI数据，作者设计了数据存放端口，以方便用户将PPI数据上传到数据库中。此外，作者计划扩展这个模块，包括定量蛋白质组学和翻译后修饰分析。
5、药物基因组学（抗衰老化合物）模块
这个抗衰老化合物模块，侧重于抗衰老保护剂，允许用户查询与衰老有关的化合物，并根据衰老表型，靶标，通路和与衰老相关的疾病，提供在模型生物中应用的相关化合物的摘要数据。
该模块目前包含了数百个化合物和药物治疗分析（体内和体外）的组学数据集，揭示了特定寿命/健康延长药物引起的基因表达变化。在这个模块的主页上，用户可以浏览“Top small molecules”功能，这个功能会每周更新搜索次数最多的化合物；“Clinical Trials”提供了抗衰老保护剂的临床试验数据；“Feature articles”展示衰老领域的最新研究。
重要的是，用户可以轻松地按药物名称，靶基因或原始文献的DOI进行搜索，以获取有关抗衰老化合物的详细信息。如果有相应的RNA-seq数据集可用，则将在基因表达表中提供链接。
Aging Atlas 旨在收集涵盖不同生物学水平的数据，Aging Atlas专注于由组学技术生成的大数据，并为衰老研究界和其他生命科学家提供了宝贵的资源。
文章转自微信公众号：嘉因生物
原创作者：短脖子的长颈鹿
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