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KEGG 数据本地化中遇到的问题及解决方案[2020-05-22

KEGG 数据本地化中遇到的问题及解决方案[2020-05-22

作者: 茶思饭 | 来源:发表于2020-05-27 14:57 被阅读0次

    问题:使用createKEGGdb 包创建的KEGG.db_1.0.tar.gz无法安装。

    一部分问题是由于windows用户没有安装Rtools软件导致的,通过安装Rtools软件可以解决。

    Rtools 安装

    1. 下载Rtools软件
      https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
    2. 安装Rtools

    3.配置Rtools

    运行R,在R的Console中输入以下代码并运行

    writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")
    

    4.重新启动R,使用Sys.which("make")查看结果

    Sys.which("make")
    ## "C:\\rtools40\\usr\\bin\\make.exe"
    

    5.本地安装R包

    install.packages("KEGG.db_1.0.tar.gz", type="source")
    library("KEGG.db")
    

    另一部分问题,由于R版本升级至4.0导致KEGG.db_1.0.tar.gz包无法安装,可以使用R CMD安装解决。

    1. 解压KEGG.db_1.0.tar.gz文件

    2. R CMD 命令安装
      在 Rstudio Terminal中 ,输入 :

    R CMD build KEGG.db
    
    R CMD install package KEGG.db_1.0.tar.gz
    
    1. 返回R中,加载包
    library(KEGG.db)
    >KEGG.db contains mappings based on older data because
      the original resource was removed from the the
      public domain before the most recent update was
      produced. This package should now be considered
      deprecated and future versions of Bioconductor may
      not have it available.  Users who want more current
      data are encouraged to look at the KEGGREST or
      reactome.db packages
    

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