各地捷报频传，织田信长再次渡过了危机。1580年，与信长对立了10年之久的本愿寺势力还据守在石山本愿寺，信长不得不使用最后的手段逼迫他们交出城池，那就是让天皇下达敕命。正亲町天皇，可以说是日本历史上最落魄的天皇了。1557年，后奈良天皇驾崩，正亲町天皇即位，但因为战乱不断，天皇和公家穷困潦倒，连举办即位大典的钱都没有。之后，直到毛利元就献上金钱请求官位，才在3年后举行仪式。为此，天皇不仅赐封毛利家右马头的官位，还特别允许毛利家的家徽可以使用皇室专用的菊花和梧桐。再之后，只有本愿寺显如上人又献上过一次金钱，为的是驱逐京都的国外传教士。剩下的时候，天皇甚至要靠卖画维持生计。
由于朝廷财政紧迫，自然权威也就落地。直到1568年织田信长以守护天皇的名分上洛，占领京都，这一情况才发生改变。一方面信长为朝廷的财政注入了大量金钱，另一方面也对朝廷的政策进行了大量改革。天皇和公家都对信长感恩戴德。当然信长这么做，在军事上也取得了相当大的优势，就像曹操挟天子以令诸侯一样。信长在不利的时候，都会要求天皇发出敕命，要求敌对势力停战议和。朝仓义景、浅井长政、足利义昭、本愿寺显如，都遵从过天皇的敕命与信长停战。之后，天皇又将国宝“兰奢待”的切片赐予信长，并加封为右大臣。但据国外的传教士记载，当时的日本是由正亲町天皇和织田信长两人统治的，天皇是世袭制的，作为民众的偶像与崇拜对象，而信长则负责军政与司法。
1580年3月2日，织田家臣池田恒兴率领长子池田元助、次子池田辉政追击逃到花隈城的荒木村重。荒木村重闻讯出兵交战，两军在生田神社的森林发生激烈战斗。池田恒兴不顾总大将身份，身先士卒，勇猛奋战，一连斩杀5，、6名敌兵，最终两军各自撤兵未分胜负。7月2日，池田辉政军伪装设伏，重创了前来偷袭的荒木军，父子三人一鼓作气追杀到城下开始攻城。同时，池田恒兴派出别动队绕到后门，从背后偷袭大门的守备军。城破，荒木村重逃往毛利家。
1580年3月，信长亲自面见天皇，请求下达敕命让本愿寺一族退出城池。天皇派遣太政大臣近藤前久作为敕使前去交涉，本愿寺显如上人表示愿意交出城池。但长子本愿寺教如却主张继续抗战！最后闹得两人断绝了父子关系，显如上人率领僧众移居到了纪伊国的鹭森別院。1580年5月，趁着宇喜多直家与毛利交战之际，信长下令羽柴秀吉进攻但马国。5月21日，70岁高龄的山名祐丰在有子山城被重重包围的情况下决定开城投降，但还没等到受降就病逝了。但马国也为信长所有。1580年8月2日，近藤前久再次来到石山本愿寺，规劝本愿寺教如。教如孤立无援，最终也只能答应将城池交于织田信长。历时10年，信长终于占领了这座石山本愿寺城。登城之后，信长对着手下说道：“等天下太平后，我一定要在此处修筑新城。这里西邻濑户内海，南靠堺港，是日本走向世界的窗户。”信长死后，羽柴秀吉将石山本愿寺城改建成为了大坂城作为自己的居城，又引得无数英雄在此激战，成为了世界尽知的名城。
不问出身，唯才是举，赏罚严明是信长一贯的用人原则。这次劝退本愿寺一党，让信长对近藤前久刮目相看，原来朝廷内部也有如此贤人，并对其承诺“如果取得天下，封前久为一国之主”。相对的，负责进攻本愿寺的军团长——佐久间信盛，则让信长很是恼火。信长开始整理近5年间，各个国主、城主的功绩，并对毫无建树的一批老臣进行了流放。其中佐久间信盛就是代表，信长命人整理了他的罪状多达19条，并下令其与亲子信荣流放至高野山。
1、佐久间信盛与亲子信荣，驻扎在天王寺城5年，没有任何功绩。虽无人过问，但自己也该上心，不应默默无闻。
2、以你之才，面对石山本愿寺这样的强敌，既不主动攻进，又不进行调略，而是一味的固守城池。时间一长不仅有失我织田家威名，更不符合武士之道。我本希望你能寻找战机一战决定胜负，但你却一直固执的坚持持久战的原则。
3、明智光秀的功绩，天下共睹。羽柴秀吉也攻占了数国，出类拔萃。池田恒兴尽管俸禄很少，但也没用多少时间就攻取了花隈城。而你呢？一点战功都没有。
4、柴田胜家听到以上这些人的功绩，尽管只有越前一国的兵力，还是在今年春季平定了加贺国。
5、作战没有像我期待的那样进行，如果你有任何难处也应该向我报告，听取建议。可这5年来，你一直消极怠慢。
6、你的家臣保田知宗曾送来书信建议“打倒在本愿寺据守的一揆众势力，其他小城会望风而降。”而你却一次报告都没有，也不做解释，到底在干吗？
7、在织田家中，对你特别优待。让你统领三河、尾张、近江、大和、河内、和泉、纪伊7国的兵力。如果你自己用心，再加上7国的将兵辅佐，怎么可能攻不下石山本愿寺。
8、水野信元死后，我将他的领地刈谷托付给了你。你竟然不思任用贤才，反而将水野的旧臣全部追放，用虚设的官职克扣工资中饱私囊。
9、山崎之地也封赐给了你，你把能向我上书之人也全部追放，这与刈谷之事并不是巧合。
10、厚待以前的家臣，善用新来的家臣，仅仅一座城池何以10年不破。你所作所为使织田家颜面尽失，是会记录在世界历史上的。
11、前些年，攻破朝仓之时（刀根坂之战），不仅不承认自己贻误战机，反而强辩是自己之能，更加愤然离席，使我颜面尽失。如今在此，依然强辩，你之卑怯真是前代未闻。
12、你子甚九郎（信荣）罪责连连，罄竹难书。
13、主要说来，第一就是欲望极大，目中无人，自以为是。做事方面，仅做表面功夫，也就是说你父子二人，都没有参透武者之心得。
14、只知道使用佣兵类的下层武士。在受到攻击时，竟然让佣兵殿军。自己不知道求访贤臣，白白拥有那么多领地。
15、你的手下会以你和信荣为榜样，时间一长，也会变得消极怠慢。如此，必将成为我织田家的隐患。
16、这30年你奉公期间，我曾赞誉“没有人比信盛活跃”，但是你却没有做到这样的成绩。
17、回想三方原会战之时，你虽打了败仗，但我并没责怪你，胜败乃兵家常事。可是现在看来，德川家康许多普代将兵被杀，与你同去的平手汎秀被杀，而你却运气很好的活着回来，定是你未与敌兵交战就望风而逃。怎能对平手汎秀见死不救！
18、作为武士，有此经历必会下定决心，战死沙场。而你却不知羞耻，继续在这龟缩了10年。
19、念你往日功劳，和信荣一起流放高野山去吧，务必细细参悟武者之心。
佐久间信盛接到信后，一边流着眼泪一边看完。默默的和儿子信荣走上了去高野山之路。由于其多用佣兵，最后留下的家臣只有2、3人，陪同一起上了高野山。由于信盛不愿出家，之后又辗转到了熊野。到熊野时，家臣就仅仅剩下一名。直到1582年1月16日，佐久间信盛在熊野郁郁而终，享年55岁。信长念及昔日情谊，允许其子回归，安排到了织田信忠麾下。同时遭到信长追放的老臣还包括了“美浓三人众”之一的安藤守就、林秀贞、丹羽氏胜。
安藤守就，是因为其有内通武田的嫌疑。林秀贞，则是因为其24年前拥立织田信胜的罪责。丹羽氏胜，则是筑城不利，大石倒塌挡住信长去路。总之，1580年的8月，随着战事的缓和，织田信长对手下人事进行了深入的调整。安藤守就正如信长所料的那样，野心极大，在信长死后，与其子安藤尚就一起想攻取美浓国的北方城意图东山再起，可惜被同为美浓三人众的稻叶一铁打败，1582年6月8日切腹自尽，享年80岁。林秀贞，被追放后本想到安艺国安享晚年，可越想心中越不是滋味，仅仅过了2个月，就郁闷地撒手人寰。丹羽氏胜之后也是奔波各地，直到信长死后才来到了次子丹羽氏重的居城，颐养天年，1597年病逝，享年75岁。
虽然信长认为这次的人事变动理由很简单，很单纯，但是在他手下的将官看来却是个个压力山大。之前的荒木村重就是很好的例子，畏惧信长，害怕被杀或被责罚，才不得不走上谋反的道路。加之敢向信长直谏的人又分散在外，所以随着权利和威望的增大，信长也变得越来越独裁，越来越狂妄，准备向天皇施压了。
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