最近在下数据,发现每次用prefetch都报错,我很痛苦
然后,今天早晨,我鼓起勇气点开了报错提供的连接,发现其实人家说的很清楚,只不过我被报错冲昏了头脑。。
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Obsolete-software
废弃的软件啊!!你为什么不仔细看一眼,哎!
NCBI的http变更为了https,所以需要下载最新版本的sra-toolkits
所以说,为什么要改呢
我们来试试
##下载软件
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.7/sratoolkit.2.10.7-ubuntu64.tar.gz
##解压
tar -zxvf sratoolkit.2.10.7-ubuntu64.tar.gz -C /home2/s195086/Software
##配置环境变量
echo 'export export PATH=$PATH:/home2/s195086/Software/sratoolkit.2.10.7-ubuntu64/bin' >> ~/.bashrc
echo "alias prefetch=/home2/s195086/Software/sratoolkit.2.10.7-ubuntu64/bin/prefetch.2.10.7" >> ~/.bashrc
echo "alias fastq-dump=/home2/s195086/Software/sratoolkit.2.10.7-ubuntu64/bin/fastq-dump.2.10.7" >> ~/.bashrc
##source一下
source ~/.bashrc
##测试一下
prefetch --hlep
"prefetch.2.10.7" version 2.10.7
重装aspera-connect
wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz
tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz
#安装
bash aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh
# 然后cd到根目录下看看是不是存在了.aspera文件夹,有的话表示安装成功
cd && ls -a
# 将aspera软件加入环境变量,并激活
echo 'export PATH=/home2/s195086/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
# 最后检查ascp是不是能用了
ascp --help
我有多蠢呢,上次我没有改路径,直接复制了别人的代码
好了,现在可以从NCBI 上任意的下数据了
shit!
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