前言

R语言系统学习第一天

为什么要学R？

1. 生命科学领域高通量测序价格下降和数据量快速增加导致的数据摩尔定律
2. 如何去分析高通量的数据
3. 高效准确地提取并精炼出自己所需要的数据和信息
4. 如何将数据可视化地呈现出来

常见的数据分析语言和程序

• Excel
  最常见，初级使用方便，高级使用困难
  所见非所得，付费
• MATLAB
  多用于信号处理、建模
  图形化界面，付费
• Python
  强大且用途极其广泛的编程语言
  各种库可以满足不同的需求：Tensorflow, Numpy, Pandas
  免费开源
• Perl
  文本处理友好且免费开源

R语言

what is R

摘自官网对R的介绍
R is a language and environment for statistical computing and graphics. It is a GNU project which is similar to the S language and environment which was developed at Bell Laboratories (formerly AT&T, now Lucent Technologies) by John Chambers and colleagues. R can be considered as a different implementation of S. There are some important differences, but much code written for S runs unaltered under R.

why is R

• 方便高效
• 多平台：Unix, MacOS, Windows
• 强大的统计及可视化工具
• 开源及活跃的开发社区

where is R

R语言官网：R
Linux, Windows, MacOS都有相应编译好的二进制版本
R语言综合典藏网：CRAN
除了收藏有R的执行档下载版、源代码和活命文件，也收录了各种用户撰写的软件包，目前国内有5个镜像站点

where to download R

下载地址：清华的镜像网站
平台选择：

• Windows：R-3.6.1-win.exe
• Linux：conda install r-base
• MacOS：R-3.6.1-pkg

下载选项：

• Base：基础版本
• Contri：先前的版本下载（R >= 2.13.x）
• Old Contrib：更老的版本下载（R < 2.13.x）
• Rtools：编译工具

How to start R

• Windows：开始菜单或双击应用程序图标
• Linux：在命令提示符后直接输入R
• MacOS：双击应用程序图标

RStudio

what is RStudio

RStudio is an integrated development environment (IDE) for R. It includes a console, syntax-highlighting editor that supports direct code execution, as well as tools for plotting, history, debugging and workspace management.

RStudio安装前说明

安装顺序：① R ② RStudio
R是RStudio的基础，必须先安装R，再安装RStudio。
即使只使用RStudio，还是需要事先为计算机安装好R。
RStudio只是辅助你使用R进行编辑的工具，因为它自身并不附带R程序。

Download RStudio

RStudio官方网站

参考资料

1. 面面的徐爷 - RNA Workshop
2. R与RStudio的安装