DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。目前研究中常用的DNA甲基化测序方法包括全基因组（WGBS、oxWGBS等）、简化基因组（dRRBS、RRBS、XRRBS等）、靶向基因组（液相捕获）、靶向基因（扩增子）和850K芯片等，适用于多种不同应用场景。
那么基于靶基因的DNA甲基化和羟甲基化测序是怎样的呢？一起来看看吧！
EGENE靶基因DNA甲基化和羟甲基化测序
亚硫酸盐靶基因扩增高通量测序（Bisulfite amplicon sequencing，BA-seq）是针对已有目标基因panel组合，运用甲基化特异性多重PCR引物设计软件，对亚硫酸盐转化或氧化亚硫酸盐转化后的目标基因多重扩增，建库后进行超高深度（1000X以上）甲基化和/或羟甲基化精准检测。
BA-seq技术优势：
➢超高深度亚硫酸盐甲基化测序，检测准确性极高，完胜传统BSP测序；
➢实现近百个基因的多重扩增，检测通量高，优于焦磷酸甲基化测序；
➢检测灵敏度高，可准确检测到样本中低于1%的甲基化水平；
➢平行化学氧化后亚硫酸盐测序，甲基化和羟甲基化精准检测；
➢样本需求量低，20ng基因组DNA可实现多基因扩增；
➢适用范围广，对基因组DNA、FFPE样本、游离cfDNA等样本均适用；
➢检测费用显著低于现有技术、快周期、超高性价比
研究案例
Vitamin C Prevents Offspring DNA Methylation Changes Associated withMaternal Smoking in Pregnancy
靶基因DNA甲基化测序验证补充维C可减少后代因母亲妊娠期吸烟而发生的DNA甲基化变化
1、背景
妊娠期吸烟可能导致婴儿出生后终生肺功能下降。此前已有不少研究描述了孕妇吸烟相关的的DNA甲基化变化，如在分娩时的胎盘和脐血、胎儿肺以及儿童时期的口腔上皮和血液中。本研究为确定补充维生素 C 是否会减少后代因母亲因妊娠期吸烟而发生的甲基化变化。
2、方法
对胎盘、脐带血样本和口腔样本进行靶向重亚硫酸盐测序，然后使用靶基因DNA甲基化测序对选定的脐带血差异甲基化区域进行独立验证。
3、结论
安慰剂组和非吸烟者组之间甲基化差异≥10%的大多数CpG（69.03%）在补充维生素C后，至少50%可恢复到非吸烟者水平。恢复的CpG中有相当一部分与低甲基化CpG富集程度较高的表型结果相关。
亚硫酸盐靶基因扩增高通量测序覆盖的所有321个CpG是平均覆盖深度的 337 倍
BA-seq用于甲基化多位点甲状腺结节诊断
BA-seq发现食管鳞癌甲基化biomarker
BA-seq验证通过DNA甲基化监测急性髓系白血病MRD
参考文献：
① [endif]Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC)，DOI10.1186/s13148-017-0430-7
② [endif]Identification of Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics，DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-18-0841
③ [endif]Investigation of measurable residual disease in acute myeloid leukemia by DNA methylation patterns，doi.org/10.1038/s41375-021-01316-z
④ [endif]Vitamin C Prevents Offspring DNA Methylation Changes Associated with Maternal Smoking in Pregnancy，DOI:10.1164/rccm.201610-2141OC
网友评论