导读：

第一个perl脚本，简单却好用。

一、目的

fastq格式：
第一行：@序列名称
第二行：碱基序列
第三行：+序列名称
第四行：碱基质量

@DRR110568.16 16 length=150
TGACTTCCTTCACGGGAAGGTAAC
+DRR110568.16 16 length=150
FAGGGG5FGGFGHC?EGCGGAFGH

fasta格式：
第一行：>序列名称
第二行：碱基序列

>DRR110568.16 16 length=150
TGACTTCCTTCACGGGAAGGTAAC

目的就是：1. 取fastq的前两行；2. @ 换成 >

二、perl脚本

vi fastq2fasta.pl  # 创建文件，并编辑

#!/usr/bin/perl -w
# 指定脚本解释程序
# -w：检查语法和声明上的错误

# @ARGV(数组)存放命令行参数列表$ARGV[]：
# open：打开文件句柄

open IN,$ARGV[0];
# 命令行中脚本后第一个文件：输入文件
open OUT,">$ARGV[1]";
# 命令行中脚本后第二个文件：输出文件

my($readid, $sequence);
# 创建私有变量

while ($readid=<IN>){
# 读取第一行，给$readid
    chomp($readid);  # 去换行符
    chomp($sequence=<IN>);  # 读取第二行，给$sequence
    <IN>;  # 读取第三行
    <IN>;  # 读取第四行
    $readid=~s/@/>/;   # 正则表达式：> 替换 @
    print OUT "$readid\n$sequence\n";  # 打印输出前两行
   
 # 下一轮（再来四行）👇
}

close IN;
close OUT;
# 关闭文件句柄

三、运行脚本

perl fastq2fasta input.file > output.file
# 标准输出

...