library("biomaRt")
human = useMart("ensembl", dataset ="hsapiens_gene_ensembl")
mouse = useMart("ensembl", dataset ="mmusculus_gene_ensembl")
gene<- read.table("../DEgenelist.txt")
gene<-gene[,1]
##从 gene name 转换成 refseq_mrna, 输入的是gene name， 则 filters ="external_gene_name" ##
aa<-getBM(attributes = c("external_gene_name","refseq_mrna"),filters = "external_gene_name",values = gene,mart = mouse)
head(aa)
library("biomaRt") human = useMart("ensembl", dataset ="h...
登陆网站：ensembles(http://asia.ensembl.org/index.html[http://...
Emsenbl的BioMart工具： http://asia.ensembl.org/biomart/martvi...
一开始使用clusterProfiler,lost mapping 的达到 29%后来换biomaRt来转换，结果...
biomaRt 是R语言访问 BioMart software suite[http://www.biomart....
如何将RefSeq mRNA ID转换为Entrez ID 同样地，使用Ensembl的BioMart在线工具，在...
今天再为大家介绍3个gene id转换工具，希望除了biomart之外还可以有”备胎”可用。 UniPort 关于...
1、安装 2、数据处理 3、自己需要转换的数据导入并完成转换 备注：getBM()函数有4个参数：attribut...
2019-08-14 798艺术广场 2019-08-14 老井西餐厅
写在前面 昨天我们介绍了三个ID转换的工具：DAVID；g:Convert以及biomart。但是这个工具内置的数...
本文标题：2019-08-14 biomaRt 转换
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/ratojctx.html
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