从农业社会开始，人类饮食结构与生活方式的改变已经有1万多年，但是微生物群在这1万年里发生的变化，远远比不上过去100年发生的变化。当人们肆无忌惮地扰乱微生物群落时，也在毁坏身体的自愈功能。现代医学让婴儿处于杀菌消毒的环境，这也导致他们部分的免疫系统无法得到正常发育。由于接触细菌的机会太少，所以婴儿的身体无法识别菌群的好坏，有时候会把无害的蛋白质误认为知名为邪并且做出极端反应，因此越是发达的国家过敏和哮喘以及一些自身免疫性和疾病的发病率反而在上升。而相反在一些不发达国家看似有大量的细菌滋生的环境中，儿童患哮喘的比例反而比较低。
据不完全统计，在发达国家的儿童18岁之前，大约会使用10~20个疗程的抗生素。虽然在短期内抗生素抑制了菌落的生长，让身体恢复健康，但是造成的副作用是体内的微生物群落被破坏，健康问题随之而来。抗生素破坏了生物群落的多样性，也损害了他们的复原能力，即便人们努力尝试加以管控，但是依然造成了无序的局面。而在这一过程中饮食的影响又会关键。对婴儿来说，哺乳是饮食的第一环节，而母乳中含有的细菌可以在婴儿肠道中建立有益的微生物环境。特别是母乳中的低聚糖，这一部分是婴儿不具备消化酶也就是说无法代谢的，而它喂养的对象其实是婴儿肠道里的微生物，只有优选的，足量的双歧杆菌才能让婴儿的肠胃更加健康。
匹斯堡大学胃肠病专家斯蒂芬·欧杰菲指出西餐仅仅满足了上消化道的需求而忽视了肠道的需求。丰富的脂肪和精致碳水虽然可以为人体提供大量能量，但是需要纤维素的肠道微生物却在忍饥挨饿所以很多人由于饮食结构不平衡患了肠道疾病。如果肠道的上皮组织遭到破坏，细菌，内毒素和蛋白质就会进入血液导致免疫系统反应形成炎症。如果炎症一直不消退就会影响机体造成多种与饮食有关的慢性病。当身体通过饮食得到了益生菌后，炎症反应会消失，免疫系统也会更加强大。所以适当补充发酵食物非常重要。
在人类制作发酵食物无数千年的历史中，食品与人体一直相互适应，完美合作。即便有时候它们显得非常复杂，要人类耗费巨大的经历和很长时间才能获得。而且基于其复杂性，发酵食物的性状常常是不可控的。人类对于它们的认知也随着时间和环境变化不断被颠覆。微生物还会刺激感官让身体获得新的信息，对其加以处理并利用。事实上这些微生物非常像一面镜子，非常像一面镜子反映着世界的变化和身体里的变化。它们看起来与身体纠缠不清，实则为身体建立了强大而有效的屏障，所以请善待身体里的菌群。
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