经常有人问我说，想要搭建一个生物信息分析的平台，问需要什么配置，是不是去电脑城买了最新款的i7处理器，多配置几条内存条，在买几块硬盘就组装好了生物信息分析平台，使用很少的钱，就可以得到很高的配置。其实我在之前的推文中已经强调过了个人电脑PC，工作站，服务器是不相同的。你当然可以用自己组装的电脑完成很多分析，但个人电脑和服务器还是不同的，可以说是民用和军用的区别。下面的案例来自于“生信开发者”公众号作者的一次经历。
一直认为桌面级PC跑全外显子组测序（WES）数据分析应该没问题。两个月前入手了一款八代i7 8700k CPU，64G内存，4T机械硬盘+512G固态硬盘的PC设备，装了centos7.4，跑起来无论是Trio 还是proband-only WES确实挺快的，都差不多在5h内跑完了。
我把这台机器当服务器在用，一直开着，长时间没关机。最近又跑WES的时候，出现了几个怪现象，一直报错，跑到GATK GenotypeGVCF的时候 ，先是出现了
line number5209295:1119970<9isnota valid start positioninthe VCF format
的错误，我很奇怪gvcf文件中怎么会出现1119970<9 这样的坐标呢？
于是我用vim 打开了一个超大的VCF文件，对照相应的ref基因型，结合临近的点的坐标，手动修改了那个地方成111997049，保存后重新运行，又出现了新的错误，
The provided VCFfileismalformed at approximately line number1324325:111¹98840isnota valid start positioninthe VCF format
这么改下去不是办法，google查找了之后，确实有说是因为内存错误导致的问题，于是我把那个GVCF文件删了重新跑了一遍，重新生成了一下GVCF文件，然后再跑GenotypeGVCF，一切正常了。
服务器的CPU一般都支持ECC内存纠错的，能保证长时间稳定运行，不出错，不死机，而桌面级PC没有这个设计，现在的高端桌面级PC运行速度确实比较快了，用来跑WES或其他生物信息软件做科研还是值得推荐，用于临床的话，还得谨慎考虑。
网友评论